131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4272 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_4272  thiamine biosynthesis protein  100 
 
 
334 aa  688    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0434  hypothetical protein  80.84 
 
 
334 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3402  thiamine biosynthesis protein  79.94 
 
 
334 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0065  thiamine biosynthesis protein  76.65 
 
 
334 aa  541  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.96842e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0082  thiamine biosynthesis protein  76.58 
 
 
334 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1071  thiamine biosynthesis protein  58.68 
 
 
335 aa  410  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.324094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3219  thiamine biosynthesis protein  52.4 
 
 
333 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1496  protein of unknown function DUF814  45.45 
 
 
327 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0384  thiamine biosynthesis protein  45.56 
 
 
351 aa  283  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.624695  hitchhiker  0.00868448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4045  thiamine biosynthesis protein  45.85 
 
 
351 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4188  thiamine biosynthesis protein  44.99 
 
 
351 aa  275  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.329777  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4161  thiamine biosynthesis protein  44.99 
 
 
351 aa  275  7e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1170  Thiamine biosynthesis protein-like protein  45.15 
 
 
329 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1299  thiamine biosynthesis protein  43.93 
 
 
355 aa  272  6e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.122436  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1725  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  42.39 
 
 
337 aa  271  1e-71  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0282763 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1163  hypothetical protein  42.55 
 
 
328 aa  255  9e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1219  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  41.38 
 
 
354 aa  252  5.000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3145  hypothetical protein  40.06 
 
 
346 aa  250  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.221645  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2654  hypothetical protein  43.44 
 
 
347 aa  249  4e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00416391  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1992  hypothetical protein  40.42 
 
 
349 aa  242  7.999999999999999e-63  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1805  hypothetical protein  42.35 
 
 
327 aa  239  4e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1624  hypothetical protein  42.35 
 
 
327 aa  239  5e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.425475  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1061  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase / fibronectin/fibrinogen-binding protein  42.42 
 
 
329 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.391536  normal  0.569731 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2474  thiamin biosynthesis protein ThiI  39.54 
 
 
326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2184  argininosuccinate synthase  39.54 
 
 
326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2075  thiamine biosynthesis protein:ExsB  45.02 
 
 
329 aa  228  2e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1979  thiamine biosynthesis protein:ExsB  42.53 
 
 
327 aa  227  2e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1904  thiamine biosynthesis protein  45.36 
 
 
368 aa  226  3e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.661194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2797  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase  39.31 
 
 
331 aa  226  4e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000576654  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0405  thiamine biosynthesis protein  40.78 
 
 
345 aa  225  8e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0026  thiamine biosynthesis protein:ExsB  39.41 
 
 
326 aa  223  3e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1498  hypothetical protein  41.23 
 
 
327 aa  223  4.9999999999999996e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2372  hypothetical protein  43.23 
 
 
357 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000114865  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1609  thiamine biosynthesis protein:ExsB  42.86 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0875  thiamine biosynthesis protein  46.51 
 
 
368 aa  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.408938 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2769  hypothetical protein  37.42 
 
 
325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778027  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0801  ATP-binding protein  37.89 
 
 
324 aa  209  6e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2450  thiamine biosynthesis protein  42.5 
 
 
352 aa  208  9e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0292  thiamine biosynthesis protein  41.58 
 
 
376 aa  208  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000151674  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0309  hypothetical protein  37.37 
 
 
349 aa  207  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1746  thiamine biosynthesis protein:ExsB  38.08 
 
 
329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3179  thiamine biosynthesis protein  46 
 
 
357 aa  169  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1858  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.89 
 
 
352 aa  50.4  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000793578  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2564  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  31.88 
 
 
362 aa  49.7  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.15702  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2569  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  32.56 
 
 
353 aa  48.5  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.729066  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1493  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.48 
 
 
478 aa  48.9  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0341854  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0902  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.57 
 
 
484 aa  48.9  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1262  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.37 
 
 
400 aa  48.1  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2272  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  31.65 
 
 
362 aa  47.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000706888 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0766  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.2 
 
 
367 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0406399  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1718  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  31.82 
 
 
367 aa  47.8  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.530012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2891  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.57 
 
 
482 aa  47  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0990  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.13 
 
 
398 aa  47  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0024577  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.87 
 
 
380 aa  47.4  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0873  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.15 
 
 
368 aa  47  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3108  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
483 aa  47  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3070  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
483 aa  47  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3250  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
483 aa  47  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1140  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.13 
 
 
385 aa  47  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000091055  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1327  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  30.92 
 
 
398 aa  46.6  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0906618  normal  0.041643 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1509  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.16 
 
 
357 aa  46.6  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.291939  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1772  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.61 
 
 
348 aa  46.6  0.0006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0277772  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0710  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.89 
 
 
341 aa  46.2  0.0007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3278  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  46.2  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1033  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  46.2  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0963  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.27 
 
 
367 aa  46.2  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.410035  normal  0.0653928 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0463  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.1 
 
 
392 aa  46.2  0.0008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00371  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3186  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.304423  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1279  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.2 
 
 
407 aa  45.4  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0186014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00375  hypothetical protein  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3122  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  29.63 
 
 
429 aa  45.4  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2379  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.6 
 
 
396 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1762  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.94 
 
 
392 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31241  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2244  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.3 
 
 
359 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3542  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.51 
 
 
349 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0495  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0455  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1081  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00012217 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3210  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000778782 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0459  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.882891 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0345  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3082  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.21 
 
 
482 aa  45.8  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.884917  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02368  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.15 
 
 
369 aa  45.4  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00392033  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0507  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.667098  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0689  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.56 
 
 
343 aa  45.8  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3190  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.06 
 
 
376 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.127789  normal  0.150501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0070  thiamine biosynthesis protein  29.68 
 
 
387 aa  45.1  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.090437 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0722  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.54 
 
 
359 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.161158  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0890  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.21 
 
 
515 aa  45.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.49206  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26980  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.7 
 
 
393 aa  44.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.121036  normal  0.93751 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1492  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.94 
 
 
375 aa  45.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.132482  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0472  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.21 
 
 
482 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0527  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.21 
 
 
482 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0485  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.21 
 
 
482 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1976  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  29.77 
 
 
359 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0464  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.21 
 
 
482 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0466  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.21 
 
 
482 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1819  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.52 
 
 
374 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0130  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.89 
 
 
389 aa  44.3  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00491755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>