More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4122 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  70.7 
 
 		 840 aa  1230    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  53.23 
 
 		 838 aa  891    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  69.39 
 
 		 830 aa  1192    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  53.92 
 
 		 851 aa  904    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  71.99 
 
 		 876 aa  1240    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  69.38 
 
 		 830 aa  1194    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  100 
 
 		 843 aa  1722    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  54.76 
 
 		 843 aa  941    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  37.04 
 
 		 846 aa  575  1.0000000000000001e-162  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  36.7 
 
 		 832 aa  569  1e-161  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  35.66 
 
 		 822 aa  526  1e-148  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  37.02 
 
 		 709 aa  444  1e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.87 
 
 		 944 aa  443  1e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.55 
 
 		 956 aa  444  1e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  38.99 
 
 		 659 aa  430  1e-119  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.8 
 
 		 934 aa  426  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 		 927 aa  407  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  36.72 
 
 		 729 aa  394  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  35.54 
 
 		 661 aa  386  1e-106  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  35.88 
 
 		 674 aa  384  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.73 
 
 		 960 aa  382  1e-104  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  34.55 
 
 		 646 aa  371  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.79 
 
 		 921 aa  368  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  34.7 
 
 		 660 aa  368  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.29 
 
 		 930 aa  359  9e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 		 921 aa  356  1e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  36.69 
 
 		 698 aa  354  4e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  31.3 
 
 		 929 aa  353  7e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.38 
 
 		 952 aa  350  8e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  34.57 
 
 		 754 aa  347  5e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  34.86 
 
 		 651 aa  340  8e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  34.57 
 
 		 743 aa  339  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  34.84 
 
 		 675 aa  335  2e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  32.92 
 
 		 646 aa  334  4e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.63 
 
 		 934 aa  332  1e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.35 
 
 		 934 aa  332  2e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  32.03 
 
 		 639 aa  331  3e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  36.4 
 
 		 633 aa  331  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  32.62 
 
 		 647 aa  331  4e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.97 
 
 		 934 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.97 
 
 		 934 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.97 
 
 		 934 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.72 
 
 		 934 aa  326  9e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.72 
 
 		 934 aa  326  9e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.23 
 
 		 934 aa  326  1e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  32.77 
 
 		 725 aa  325  3e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  31.77 
 
 		 662 aa  324  4e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.08 
 
 		 934 aa  323  6e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  29.46 
 
 		 667 aa  323  9.000000000000001e-87  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  32.77 
 
 		 725 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.63 
 
 		 934 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  33 
 
 		 652 aa  321  3.9999999999999996e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  32.76 
 
 		 652 aa  320  6e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  31.23 
 
 		 664 aa  318  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  32.45 
 
 		 755 aa  318  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.1 
 
 		 929 aa  318  4e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  31.3 
 
 		 645 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.38 
 
 		 909 aa  314  4.999999999999999e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  31.37 
 
 		 641 aa  311  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  31.86 
 
 		 641 aa  311  4e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  30.84 
 
 		 751 aa  309  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  30.57 
 
 		 755 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  32.75 
 
 		 636 aa  308  3e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  33.29 
 
 		 664 aa  307  5.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  32.96 
 
 		 681 aa  306  1.0000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  30.74 
 
 		 668 aa  301  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  30 
 
 		 670 aa  301  3e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  31.08 
 
 		 641 aa  301  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  32.63 
 
 		 757 aa  301  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  0.000000348035 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  32.86 
 
 		 645 aa  298  2e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.69 
 
 		 921 aa  298  2e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.6 
 
 		 691 aa  297  6e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.52 
 
 		 692 aa  291  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  31.47 
 
 		 641 aa  291  3e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.36 
 
 		 691 aa  291  4e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.77 
 
 		 691 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.72 
 
 		 690 aa  281  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.48 
 
 		 690 aa  280  9e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.09 
 
 		 690 aa  279  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.22 
 
 		 690 aa  279  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.920562  hitchhiker  0.00302525 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  29.72 
 
 		 714 aa  278  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  32 
 
 		 666 aa  278  4e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2470  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.22 
 
 		 690 aa  278  5e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.93 
 
 		 690 aa  277  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.93 
 
 		 690 aa  276  8e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.93 
 
 		 690 aa  276  8e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.93 
 
 		 690 aa  276  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  30.6 
 
 		 691 aa  276  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.82 
 
 		 690 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2538  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.08 
 
 		 690 aa  275  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.536241  unclonable  0.0000322681 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.51 
 
 		 703 aa  267  5.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.61 
 
 		 691 aa  266  8.999999999999999e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.58 
 
 		 712 aa  263  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  32.56 
 
 		 665 aa  260  6e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  32.56 
 
 		 665 aa  260  8e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  32.56 
 
 		 665 aa  260  8e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0014  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.92 
 
 		 729 aa  257  5e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4158  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.78 
 
 		 758 aa  257  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.09 
 
 		 714 aa  257  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.98 
 
 		 721 aa  256  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>