More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4090 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
462 aa  953    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  30.9 
 
 
425 aa  195  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.63 
 
 
472 aa  179  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  32.17 
 
 
1288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  32.22 
 
 
488 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 
556 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  32.62 
 
 
473 aa  170  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  31.12 
 
 
472 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 
487 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.24 
 
 
563 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.61 
 
 
472 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.12 
 
 
494 aa  163  6e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.12 
 
 
494 aa  163  6e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
564 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 
529 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.07 
 
 
471 aa  160  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 
459 aa  160  6e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.34 
 
 
494 aa  158  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
494 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.67 
 
 
459 aa  157  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.41 
 
 
512 aa  156  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.76 
 
 
470 aa  156  6e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.59 
 
 
554 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 
489 aa  153  7e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.36 
 
 
484 aa  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.47 
 
 
518 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 
539 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 
564 aa  150  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  29.6 
 
 
548 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  31.34 
 
 
576 aa  147  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 
576 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  31.65 
 
 
520 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.04 
 
 
520 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  31.04 
 
 
524 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.11 
 
 
609 aa  144  5e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.57 
 
 
484 aa  143  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  28.27 
 
 
723 aa  143  7e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 
473 aa  142  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  31.97 
 
 
583 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 
461 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  27.6 
 
 
864 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 
451 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 
469 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.99 
 
 
527 aa  140  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  28.35 
 
 
553 aa  140  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 
502 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.65 
 
 
485 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.99 
 
 
528 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.11 
 
 
534 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.74 
 
 
441 aa  137  4e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  27.75 
 
 
487 aa  137  4e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.48 
 
 
441 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.8 
 
 
520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.9 
 
 
567 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  28.02 
 
 
547 aa  133  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.65 
 
 
489 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 
461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.95 
 
 
535 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 
484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 
460 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  27.84 
 
 
609 aa  131  3e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.21 
 
 
618 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.46 
 
 
546 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.56 
 
 
548 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.81 
 
 
521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.46 
 
 
547 aa  126  8.000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 
507 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.32 
 
 
558 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.72 
 
 
612 aa  124  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 
533 aa  124  3e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.93 
 
 
546 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
546 aa  124  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.43 
 
 
565 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.93 
 
 
546 aa  122  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.21 
 
 
567 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  29.17 
 
 
488 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.45 
 
 
569 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.45 
 
 
580 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  25.93 
 
 
467 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 
608 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.67 
 
 
546 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.92 
 
 
674 aa  117  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  25.47 
 
 
471 aa  117  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.49 
 
 
608 aa  117  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 
552 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.38 
 
 
474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.14 
 
 
546 aa  116  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.05 
 
 
681 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27.32 
 
 
612 aa  114  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 
612 aa  114  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 
459 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  26.13 
 
 
566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  26.7 
 
 
488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.55 
 
 
473 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  28.86 
 
 
473 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.11 
 
 
473 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  25.61 
 
 
424 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  25.46 
 
 
473 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  27.3 
 
 
473 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  27.46 
 
 
501 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>