86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4039 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 356 aa  733    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  35.21 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  35.43 
 
 		 355 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  33.99 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  36.07 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 367 aa  190  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  34.37 
 
 		 367 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 367 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  36.95 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  36.73 
 
 		 349 aa  162  6e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  32.94 
 
 		 347 aa  162  6e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  32.49 
 
 		 347 aa  159  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  33.9 
 
 		 359 aa  152  8e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  31.71 
 
 		 372 aa  135  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  31.35 
 
 		 355 aa  132  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  30.79 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  32.75 
 
 		 393 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  30.06 
 
 		 395 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  29.05 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  28.05 
 
 		 372 aa  115  8.999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  28.69 
 
 		 366 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  29.77 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  28.2 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  31.44 
 
 		 356 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  29.01 
 
 		 394 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  28.26 
 
 		 370 aa  104  3e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  26.43 
 
 		 355 aa  102  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  24.37 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  30.91 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  29.22 
 
 		 359 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  28.66 
 
 		 401 aa  96.7  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  26.47 
 
 		 400 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  27.71 
 
 		 360 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  29.69 
 
 		 376 aa  93.6  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  28.4 
 
 		 404 aa  93.6  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  25.5 
 
 		 357 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.97 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  27.96 
 
 		 383 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  25.78 
 
 		 391 aa  86.7  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  25.78 
 
 		 391 aa  86.7  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  24.14 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.19 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  27.73 
 
 		 351 aa  73.2  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  23.85 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  22.16 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  24.23 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  26.96 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  21.72 
 
 		 386 aa  62.8  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  24.78 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  25.25 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  23.33 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  27.72 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  27.65 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3252  hypothetical protein  28.42 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  24 
 
 		 399 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1747  protein of unknown function DUF955  23.87 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124074  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 370 aa  53.9  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  22.93 
 
 		 362 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  26.37 
 
 		 375 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 410 aa  50.4  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  24.92 
 
 		 415 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  24.63 
 
 		 392 aa  49.7  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  23.45 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 199 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  23.25 
 
 		 387 aa  47.4  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  25.15 
 
 		 286 aa  47.4  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 400 aa  47  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  28.95 
 
 		 416 aa  46.6  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  28 
 
 		 392 aa  46.2  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 191 aa  45.8  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4028  prophage LambdaBa02, repressor protein  31.71 
 
 		 122 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210086  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 191 aa  45.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  30.49 
 
 		 122 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  30.49 
 
 		 122 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  25.79 
 
 		 377 aa  43.9  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 198 aa  43.5  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0281  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 78 aa  43.5  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0335018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 174 aa  43.5  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  25.68 
 
 		 378 aa  43.1  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  25.45 
 
 		 414 aa  43.1  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  25.45 
 
 		 414 aa  43.1  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  25.45 
 
 		 414 aa  43.1  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  25.47 
 
 		 221 aa  42.7  0.01  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 396 aa  42.7  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>