More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3950 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
280 aa  570  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  76.36 
 
 
279 aa  434  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  72.24 
 
 
284 aa  425  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  77.09 
 
 
285 aa  424  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  75.44 
 
 
285 aa  423  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  68.75 
 
 
282 aa  387  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.91 
 
 
285 aa  368  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  64.23 
 
 
292 aa  370  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  62.64 
 
 
280 aa  363  1e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  55.51 
 
 
286 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  53.55 
 
 
307 aa  285  5e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  52.3 
 
 
307 aa  282  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.3 
 
 
307 aa  281  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  51.94 
 
 
307 aa  279  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  51.81 
 
 
299 aa  265  8e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  51.81 
 
 
300 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  51.81 
 
 
300 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.81 
 
 
300 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  46.38 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  45.26 
 
 
308 aa  238  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  45.93 
 
 
299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  45.19 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.21 
 
 
299 aa  231  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  44.77 
 
 
306 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 
301 aa  229  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  44.93 
 
 
303 aa  229  4e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.09 
 
 
340 aa  228  6e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44.61 
 
 
299 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  44.61 
 
 
299 aa  227  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  44.03 
 
 
303 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
299 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
301 aa  225  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
299 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
299 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  43.84 
 
 
295 aa  224  9e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.98 
 
 
303 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
301 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
295 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  44.07 
 
 
296 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  43.87 
 
 
299 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  45.65 
 
 
297 aa  223  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  43.28 
 
 
303 aa  223  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  43.28 
 
 
303 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  44.2 
 
 
299 aa  223  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  43.36 
 
 
300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  45.29 
 
 
297 aa  222  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  45.29 
 
 
297 aa  221  7e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  42.59 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  44.8 
 
 
296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
298 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  42.75 
 
 
302 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
298 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 
296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.26 
 
 
322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.26 
 
 
322 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  45.93 
 
 
326 aa  219  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  45.14 
 
 
322 aa  218  6e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
295 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.12 
 
 
300 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  43.87 
 
 
297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.65 
 
 
389 aa  216  5e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.93 
 
 
433 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  45.79 
 
 
357 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  41.43 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.45 
 
 
290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  42.28 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.05 
 
 
350 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
299 aa  211  7e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.68 
 
 
291 aa  209  6e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
298 aa  208  6e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.16 
 
 
474 aa  206  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  41.03 
 
 
297 aa  205  7e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.07 
 
 
356 aa  204  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.21 
 
 
356 aa  202  4e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  43.38 
 
 
360 aa  202  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  42.2 
 
 
309 aa  201  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  40.44 
 
 
297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
309 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  40.43 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  41.49 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.3 
 
 
289 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  39.72 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.94 
 
 
286 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  39.72 
 
 
311 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  40.94 
 
 
286 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  42.01 
 
 
288 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.05 
 
 
285 aa  194  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  40.73 
 
 
286 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  39.21 
 
 
311 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  39.21 
 
 
311 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  39.62 
 
 
277 aa  192  6e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  40.93 
 
 
285 aa  191  8e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  38.81 
 
 
291 aa  191  9e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>