92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3825 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3825  hypothetical protein  100 
 
 
118 aa  239  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.169171  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2891  hypothetical protein  56.41 
 
 
121 aa  158  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0159035 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2569  S23 ribosomal protein  61.82 
 
 
115 aa  155  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3816  hypothetical protein  61.74 
 
 
123 aa  141  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0119683  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1774  S23 ribosomal protein  53.85 
 
 
118 aa  136  8e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113241  normal  0.0178351 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1776  S23 ribosomal protein  52.99 
 
 
118 aa  135  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  3.53039e-09  normal  0.0187612 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0925  S23 ribosomal protein  51.72 
 
 
118 aa  126  1e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0667  S23 ribosomal protein  51.72 
 
 
119 aa  124  4e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3829  S23 ribosomal protein  50 
 
 
123 aa  122  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0815906  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1843  S23 ribosomal protein  46.96 
 
 
116 aa  112  2e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.561977  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1780  hypothetical protein  47.79 
 
 
119 aa  110  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0743  S23 ribosomal protein  47.86 
 
 
121 aa  109  1e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3082  hypothetical protein  44.25 
 
 
119 aa  105  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0653  hypothetical protein  41.44 
 
 
128 aa  100  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0033  hypothetical protein  42.11 
 
 
116 aa  100  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1903  S23 ribosomal protein  38.94 
 
 
117 aa  100  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.452499  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4365  S23 ribosomal  41.18 
 
 
127 aa  99.8  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.981218  normal  0.704063 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4923  S23 ribosomal protein  35.29 
 
 
119 aa  99  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0510  S23 ribosomal protein  46.59 
 
 
119 aa  97.8  5e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.426974  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0769  hypothetical protein  45.45 
 
 
120 aa  94.7  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0716  hypothetical protein  45.45 
 
 
120 aa  94.7  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03005  hypothetical protein  51.14 
 
 
135 aa  93.6  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4754  S23 ribosomal protein  42.06 
 
 
117 aa  92.8  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.32042  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1133  S23 ribosomal protein  40.37 
 
 
125 aa  92  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.625795 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0984  S23 ribosomal  40.87 
 
 
128 aa  91.7  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302642  normal  0.219777 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2403  hypothetical protein  40.38 
 
 
108 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.589367  hitchhiker  0.00347564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3674  S23 ribosomal protein  38.94 
 
 
119 aa  89.4  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.141742 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2639  S23 ribosomal protein  48.24 
 
 
117 aa  88.2  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1908  S23 ribosomal protein  37.17 
 
 
143 aa  87.4  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0472505 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4875  S23 ribosomal protein  46.07 
 
 
119 aa  85.9  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1181  S23 ribosomal protein  40.52 
 
 
122 aa  84  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2018  S23 ribosomal protein  37.84 
 
 
116 aa  79.7  1e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.575414  normal  0.264087 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0834  S23 ribosomal protein  41.03 
 
 
122 aa  79  2e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.530691  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0042  hypothetical protein  35.04 
 
 
122 aa  73.9  7e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1809  hypothetical protein  35.04 
 
 
122 aa  73.9  7e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0903  hypothetical protein  35.04 
 
 
122 aa  73.9  7e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1773  hypothetical protein  35.04 
 
 
122 aa  73.9  7e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0046265  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0809  S23 ribosomal protein  34.78 
 
 
134 aa  73.9  7e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2958  hypothetical protein  33.33 
 
 
117 aa  73.6  9e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0702  hypothetical protein  40.91 
 
 
130 aa  72.8  1e-12  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  4.25706e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1960  S23 ribosomal protein  41.28 
 
 
122 aa  73.2  1e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.330866 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1495  S23 ribosomal protein  35.34 
 
 
124 aa  72.4  2e-12  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1770  hypothetical protein  37.61 
 
 
119 aa  72  2e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00388506  normal  0.0836423 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1940  S23 ribosomal protein  40.37 
 
 
122 aa  72.8  2e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0249687  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1949  S23 ribosomal protein  40.37 
 
 
122 aa  72.8  2e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.512605 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2263  hypothetical protein  51.9 
 
 
128 aa  72.4  2e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  decreased coverage  0.000429969 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0797  hypothetical protein  36.75 
 
 
115 aa  72.4  2e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171877 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2787  hypothetical protein  36.28 
 
 
118 aa  72  3e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  1.22053e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1973  S23 ribosomal protein  38.53 
 
 
122 aa  71.6  3e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.174055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3034  S23 ribosomal protein  35.09 
 
 
119 aa  71.6  4e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1904  S23 ribosomal protein  41.07 
 
 
122 aa  70.9  6e-12  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0039  S23 ribosomal  39.25 
 
 
121 aa  70.5  7e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.746441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1768  S23 ribosomal protein  40.18 
 
 
127 aa  69.7  1e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.0791201 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2528  hypothetical protein  41.57 
 
 
117 aa  68.9  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2670  hypothetical protein  35.83 
 
 
131 aa  69.3  2e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1260  hypothetical protein  41.57 
 
 
124 aa  68.9  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2947  hypothetical protein  41.57 
 
 
124 aa  68.9  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2021  hypothetical protein  41.57 
 
 
124 aa  68.9  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.933908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0176  hypothetical protein  41.57 
 
 
124 aa  68.9  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.713236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1266  hypothetical protein  41.57 
 
 
124 aa  68.9  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0008  hypothetical protein  41.57 
 
 
117 aa  68.9  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1864  S23 ribosomal protein  45.12 
 
 
123 aa  68.6  3e-11  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.508556  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0405  hypothetical protein  40.45 
 
 
117 aa  67.8  5e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.743042  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2609  S23 ribosomal protein  39.66 
 
 
122 aa  67  7e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.839204  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0610  S23 ribosomal protein  31.53 
 
 
124 aa  66.2  2e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28865e-18 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0352  hypothetical protein  30.51 
 
 
133 aa  64.7  4e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50367  normal  0.137183 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0596  S23 ribosomal protein  35.71 
 
 
122 aa  64.3  5e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0419728  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2487  S23 ribosomal protein  33.93 
 
 
130 aa  63.5  8e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.119233 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4428  glutamine--scyllo-inositol transaminase  35.59 
 
 
583 aa  62  2e-09  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3212  S23 ribosomal protein  31.25 
 
 
124 aa  61.6  3e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.69732  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2842  hypothetical protein  35.71 
 
 
125 aa  62  3e-09  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.578199  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2821  hypothetical protein  34.82 
 
 
127 aa  61.6  4e-09  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1396  hypothetical protein  41.77 
 
 
119 aa  60.8  6e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0782  S23 ribosomal protein  39.29 
 
 
142 aa  59.7  1e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118065  normal  0.653003 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3192  hypothetical protein  32.46 
 
 
117 aa  59.7  1e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1652  hypothetical protein  34.52 
 
 
125 aa  59.7  1e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193408  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1383  hypothetical protein  31.3 
 
 
117 aa  59.3  2e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2542  hypothetical protein  31.58 
 
 
117 aa  59.3  2e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1160  S23 ribosomal protein  36.13 
 
 
138 aa  58.5  3e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2144  hypothetical protein  31.86 
 
 
121 aa  58.2  4e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1316  hypothetical protein  31.58 
 
 
117 aa  58.2  4e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0254819 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0266  hypothetical protein  40.51 
 
 
115 aa  57.8  5e-08  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4127  hypothetical protein  30.91 
 
 
113 aa  56.6  1e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3035  S23 ribosomal  37.35 
 
 
109 aa  55.5  2e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.964559  hitchhiker  0.00587494 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0863  S23 ribosomal protein  30.77 
 
 
104 aa  53.5  1e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2230  hypothetical protein  37.65 
 
 
128 aa  52.8  2e-06  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.8637e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3761  S23 ribosomal protein  32.97 
 
 
127 aa  51.6  4e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2269  S23 ribosomal protein  30.67 
 
 
129 aa  51.2  5e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3995  hypothetical protein  41.43 
 
 
107 aa  48.5  3e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0795  S23 ribosomal protein  29.31 
 
 
134 aa  44.3  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361615  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3459  S23 ribosomal protein  33.75 
 
 
127 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1934  S23 ribosomal protein  43.24 
 
 
85 aa  41.2  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285916  normal  0.790704 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>