118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3668 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
293 aa  604  9.999999999999999e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  76.45 
 
 
293 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  73.38 
 
 
293 aa  448  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  68.94 
 
 
293 aa  417  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  70.31 
 
 
293 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  66.89 
 
 
295 aa  390  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  66.55 
 
 
295 aa  389  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  42.41 
 
 
291 aa  225  6e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  45.05 
 
 
293 aa  222  6e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  44.8 
 
 
293 aa  222  7e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  41.61 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  38.85 
 
 
291 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  40.86 
 
 
294 aa  205  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  42.09 
 
 
292 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  41.05 
 
 
298 aa  203  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  40.3 
 
 
338 aa  202  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  40.94 
 
 
292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  42.09 
 
 
309 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  40.71 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  40.82 
 
 
296 aa  196  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  36.07 
 
 
293 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  41.11 
 
 
292 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  39.51 
 
 
295 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  39.51 
 
 
295 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.59 
 
 
289 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  39.86 
 
 
295 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  39.86 
 
 
295 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  40.07 
 
 
296 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  38.46 
 
 
295 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  39.78 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  39.36 
 
 
300 aa  181  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  40 
 
 
297 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  37.46 
 
 
294 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  33.95 
 
 
291 aa  176  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  40.07 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  40.07 
 
 
298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  37.55 
 
 
292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  34.66 
 
 
293 aa  155  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  34.75 
 
 
292 aa  155  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  34.6 
 
 
373 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  32.97 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  31.03 
 
 
293 aa  144  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  29.06 
 
 
399 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  32.87 
 
 
377 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  36.67 
 
 
257 aa  135  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  27.84 
 
 
293 aa  132  6e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 
386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  30.11 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  34.95 
 
 
294 aa  126  5e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  31.68 
 
 
388 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  33.82 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  33.68 
 
 
291 aa  117  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  33.33 
 
 
293 aa  115  6e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 
380 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 
311 aa  107  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  28.85 
 
 
308 aa  106  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  32.65 
 
 
300 aa  102  5e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  28.03 
 
 
321 aa  98.2  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  29.17 
 
 
332 aa  93.2  5e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28.57 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  31.63 
 
 
402 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  31.46 
 
 
409 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 
390 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
156 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  64.71 
 
 
38 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.82 
 
 
479 aa  55.8  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  30.32 
 
 
474 aa  55.8  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
473 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  28 
 
 
473 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
503 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
481 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
481 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
481 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
473 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  27.27 
 
 
474 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28 
 
 
474 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  31.21 
 
 
705 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  30.57 
 
 
531 aa  53.5  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.43 
 
 
473 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  27.43 
 
 
473 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  27.43 
 
 
473 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.57 
 
 
473 aa  50.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  28.57 
 
 
480 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
473 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.57 
 
 
473 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  26.86 
 
 
473 aa  50.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  28 
 
 
473 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
473 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28 
 
 
473 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0661  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 
438 aa  50.1  0.00005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.692136  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0800  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 
455 aa  49.3  0.00008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.422662  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  27.43 
 
 
470 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 
429 aa  47  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  25.52 
 
 
430 aa  47  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 
475 aa  46.6  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0228  radical SAM domain-containing protein  23.23 
 
 
441 aa  46.6  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 
547 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
547 aa  45.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  23.89 
 
 
500 aa  45.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.57 
 
 
474 aa  45.4  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>