More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3608 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  67.54 
 
 		 461 aa  640    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 459 aa  927    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  68.13 
 
 		 467 aa  633  1e-180  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  61.44 
 
 		 460 aa  595  1e-169  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  39.09 
 
 		 424 aa  279  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0920  radical SAM domain-containing protein  34.74 
 
 		 451 aa  276  4e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  37.17 
 
 		 424 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  35.13 
 
 		 426 aa  263  4e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3236  Radical SAM domain protein  35.32 
 
 		 462 aa  217  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1024  Radical SAM domain protein  34.73 
 
 		 467 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1999  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 		 506 aa  203  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0779114  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.65 
 
 		 459 aa  136  9e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.63 
 
 		 488 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 		 529 aa  130  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.99 
 
 		 518 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.84 
 
 		 487 aa  127  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  22.12 
 
 		 425 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.08 
 
 		 441 aa  125  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.08 
 
 		 441 aa  124  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  25.42 
 
 		 1288 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.66 
 
 		 472 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.33 
 
 		 494 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.33 
 
 		 494 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.68 
 
 		 554 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  33.1 
 
 		 564 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.52 
 
 		 564 aa  120  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  31.56 
 
 		 520 aa  120  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  27.61 
 
 		 495 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 		 494 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 		 494 aa  117  3e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.04 
 
 		 461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.57 
 
 		 489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.56 
 
 		 472 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.19 
 
 		 473 aa  114  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.64 
 
 		 459 aa  114  5e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  26 
 
 		 488 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 		 462 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.21 
 
 		 563 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 		 444 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 		 450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 556 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 		 451 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 		 472 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 		 470 aa  107  5e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.88 
 
 		 484 aa  106  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  28.68 
 
 		 490 aa  104  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2035  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.15 
 
 		 518 aa  103  5e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0799  Elongator protein 3  25.85 
 
 		 526 aa  103  6e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0832  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 527 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170506 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  26.52 
 
 		 864 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.09 
 
 		 512 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  24.74 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  28.72 
 
 		 616 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.9 
 
 		 552 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  20.76 
 
 		 471 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  27.93 
 
 		 541 aa  101  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 525 aa  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0308  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.79 
 
 		 529 aa  100  4e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  29.45 
 
 		 476 aa  100  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16191  Fe-S oxidoreductase  28.52 
 
 		 544 aa  100  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.468335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  30.93 
 
 		 576 aa  100  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1258  radical SAM family protein  26.58 
 
 		 529 aa  100  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  30.93 
 
 		 576 aa  99.8  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2089  Radical SAM domain protein  27.04 
 
 		 530 aa  100  8e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.670556 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.24 
 
 		 444 aa  99.8  8e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2065  Radical SAM domain protein  27.04 
 
 		 530 aa  99.8  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  30.93 
 
 		 583 aa  99.8  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  21.93 
 
 		 487 aa  99.8  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  31.5 
 
 		 501 aa  99.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.28 
 
 		 484 aa  99  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  30.37 
 
 		 1250 aa  99  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2963  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 		 522 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1063  Fe-S oxidoreductase  25.79 
 
 		 537 aa  97.8  4e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.297828  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.3 
 
 		 490 aa  97.8  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17011  Fe-S oxidoreductase  28.25 
 
 		 539 aa  97.4  5e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16891  Fe-S oxidoreductase  27.1 
 
 		 539 aa  97.4  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.779533  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23771  Fe-S oxidoreductase  33.94 
 
 		 538 aa  97.1  6e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0282707 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.53 
 
 		 677 aa  97.1  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 533 aa  97.1  7e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0679  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 		 532 aa  96.7  8e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.538704  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19381  Fe-S oxidoreductase  25.4 
 
 		 537 aa  96.7  8e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1590  Fe-S oxidoreductase  27.39 
 
 		 539 aa  96.7  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  hitchhiker  0.00141696  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  21.4 
 
 		 539 aa  96.3  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  29.19 
 
 		 377 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.71 
 
 		 473 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.59 
 
 		 485 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  29.93 
 
 		 366 aa  94.4  4e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.33 
 
 		 468 aa  94  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  30.49 
 
 		 512 aa  93.2  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  22.19 
 
 		 528 aa  93.2  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 439 aa  93.2  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.09 
 
 		 473 aa  92.4  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  25.35 
 
 		 618 aa  92.8  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  25.09 
 
 		 540 aa  93.2  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  26.69 
 
 		 501 aa  92.8  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  22.56 
 
 		 485 aa  92.4  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.97 
 
 		 476 aa  92  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.06 
 
 		 473 aa  92  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 476 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>