More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3489 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 187 aa  386  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  67.38 
 
 		 187 aa  262  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  67.38 
 
 		 187 aa  259  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 187 aa  258  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  65.95 
 
 		 188 aa  251  3e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 188 aa  242  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 188 aa  241  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  59.36 
 
 		 187 aa  236  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 204 aa  132  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  35.87 
 
 		 196 aa  117  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 198 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 196 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.64 
 
 		 189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 197 aa  104  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 193 aa  102  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 197 aa  99.8  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 212 aa  99.4  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 		 188 aa  98.6  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  29.57 
 
 		 207 aa  98.2  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 207 aa  97.8  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 192 aa  96.7  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 176 aa  95.9  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  33.15 
 
 		 188 aa  95.5  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 192 aa  95.5  4e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 192 aa  95.5  4e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 180 aa  95.1  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 180 aa  94.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 180 aa  94.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 180 aa  94.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.26 
 
 		 192 aa  94.4  8e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 180 aa  94.7  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 192 aa  94.4  9e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  29.51 
 
 		 192 aa  93.6  2e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  29.03 
 
 		 207 aa  92.8  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 180 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  32.24 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 190 aa  91.3  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  29.51 
 
 		 208 aa  90.9  9e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.64 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  30.73 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 192 aa  90.9  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.64 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.64 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.64 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  31.64 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  31.64 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 190 aa  89.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 191 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 191 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  31.64 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 191 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 219 aa  89.4  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  28.8 
 
 		 192 aa  89  4e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 209 aa  88.6  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 183 aa  88.2  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  26.34 
 
 		 189 aa  88.2  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 225 aa  88.2  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 192 aa  87.8  9e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 236 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  87.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 198 aa  86.3  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 178 aa  86.7  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 232 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 189 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 219 aa  85.5  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 234 aa  85.5  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  29.51 
 
 		 236 aa  85.5  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 180 aa  85.1  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 		 227 aa  85.1  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  85.1  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  85.1  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30.51 
 
 		 224 aa  84.7  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 224 aa  84.7  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 		 227 aa  84.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 192 aa  84.7  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  25.27 
 
 		 188 aa  84.3  9e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 180 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  28.8 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  27.32 
 
 		 175 aa  84  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  29.61 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>