97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2974 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  100 
 
 
169 aa  340  4e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  58.68 
 
 
167 aa  200  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  60.4 
 
 
169 aa  177  9e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  51.22 
 
 
182 aa  161  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  58.7 
 
 
162 aa  149  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  57.25 
 
 
162 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0972  OstA family protein  50 
 
 
174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000111121  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1940  hypothetical protein  39.84 
 
 
166 aa  88.6  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.946021  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2071  OstA family protein  33.99 
 
 
199 aa  85.5  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0437606  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1603  OstA family protein  28.83 
 
 
181 aa  70.5  0.000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.94 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  31.13 
 
 
166 aa  67.4  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1507  OstA family protein  25.29 
 
 
196 aa  64.7  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  decreased coverage  0.000611674 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  30.49 
 
 
161 aa  64.7  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.14 
 
 
190 aa  64.7  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.26 
 
 
190 aa  64.3  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.89 
 
 
189 aa  61.2  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.5 
 
 
184 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.5 
 
 
184 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.5 
 
 
184 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.5 
 
 
184 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  26.01 
 
 
180 aa  60.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.5 
 
 
184 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  27.74 
 
 
179 aa  59.3  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  26.92 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.92 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.94 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  31.87 
 
 
172 aa  58.2  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0152  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.67 
 
 
175 aa  57.8  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.301086  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.43 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.43 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.43 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.43 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.43 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.43 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  26.01 
 
 
176 aa  57.8  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.43 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.91 
 
 
157 aa  57  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  29.81 
 
 
185 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0508  OstA family protein  27.22 
 
 
198 aa  54.7  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.346357  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.81 
 
 
185 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0429  OstA family protein  22.04 
 
 
224 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.034618 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  26.19 
 
 
190 aa  53.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.7 
 
 
170 aa  52.4  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  28.83 
 
 
197 aa  52.4  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  29.05 
 
 
170 aa  52  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.56 
 
 
179 aa  51.2  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  24.06 
 
 
164 aa  51.2  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  28.03 
 
 
188 aa  50.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  26.35 
 
 
223 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  24.06 
 
 
164 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.75 
 
 
194 aa  49.3  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  26.47 
 
 
221 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.03 
 
 
207 aa  49.7  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.45 
 
 
181 aa  49.7  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.45 
 
 
181 aa  50.1  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.45 
 
 
181 aa  50.1  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  26.14 
 
 
242 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  27.56 
 
 
219 aa  48.5  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  26.19 
 
 
168 aa  48.1  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  25 
 
 
246 aa  47  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.45 
 
 
180 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  29.41 
 
 
144 aa  47  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  30.19 
 
 
183 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  30.19 
 
 
183 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  29.56 
 
 
183 aa  47  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  26.92 
 
 
160 aa  46.6  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  27.42 
 
 
221 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  30.77 
 
 
177 aa  46.2  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  27.33 
 
 
230 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  29.17 
 
 
196 aa  45.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  25.17 
 
 
174 aa  45.4  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  26.98 
 
 
227 aa  45.1  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  28.11 
 
 
200 aa  44.7  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  29.02 
 
 
184 aa  44.3  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1992  cell envelope biogenesis protein YhbN  31.11 
 
 
158 aa  43.5  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  25.48 
 
 
250 aa  43.5  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  25.32 
 
 
177 aa  43.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.98 
 
 
184 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0062  OstA family protein  34.25 
 
 
204 aa  42.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0177  OstA-like protein  25.98 
 
 
228 aa  42.4  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.45 
 
 
184 aa  42.4  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0046  OstA family protein  23.93 
 
 
211 aa  42.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  29.45 
 
 
184 aa  42.4  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  29.45 
 
 
184 aa  42.4  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  25.21 
 
 
225 aa  42  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  26.59 
 
 
181 aa  42  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  25.5 
 
 
174 aa  41.6  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  24.84 
 
 
204 aa  41.6  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  25.5 
 
 
174 aa  41.6  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  23.9 
 
 
216 aa  41.6  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.5 
 
 
174 aa  41.6  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  24.84 
 
 
216 aa  41.2  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  24.83 
 
 
174 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2506  OstA family protein  27.1 
 
 
164 aa  41.2  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.979072  normal  0.875661 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0017  OstA family protein  25.56 
 
 
186 aa  41.2  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148492 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2273  OstA-like protein  29.25 
 
 
172 aa  40.8  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>