More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2683 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 289 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  61.13 
 
 		 286 aa  328  6e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 		 286 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  55.04 
 
 		 290 aa  281  9e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  54.32 
 
 		 290 aa  276  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  47.84 
 
 		 283 aa  258  7e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  49.29 
 
 		 293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  43.99 
 
 		 288 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 277 aa  208  7e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  39.07 
 
 		 279 aa  208  9e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  40.73 
 
 		 277 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 277 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  40.73 
 
 		 277 aa  206  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  40.73 
 
 		 277 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  40.58 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 277 aa  205  7e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 277 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 277 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  39.51 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 285 aa  199  3e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  42.16 
 
 		 284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.57 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  41.49 
 
 		 276 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 		 289 aa  191  9e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 280 aa  191  1e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 		 273 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  40.56 
 
 		 288 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  40.56 
 
 		 288 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  38.16 
 
 		 278 aa  185  7e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  41.05 
 
 		 288 aa  185  7e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  39.18 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 		 279 aa  181  1e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 		 284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  38.68 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.37 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  37.11 
 
 		 280 aa  176  5e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 269 aa  170  3e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  42.31 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  34.63 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  34.28 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.65 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  34.28 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.92 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  36.01 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  40.59 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  35.97 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 288 aa  159  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 276 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.75 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  34.86 
 
 		 288 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  34.86 
 
 		 288 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  34.86 
 
 		 288 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  34.86 
 
 		 288 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  34.86 
 
 		 288 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  37.38 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  38.31 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 283 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  37.23 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 273 aa  156  4e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 279 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  36 
 
 		 270 aa  155  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>