More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1904 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 310 aa  638    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  54.61 
 
 		 304 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  55.41 
 
 		 304 aa  311  9e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  56.39 
 
 		 295 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  56.39 
 
 		 295 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  52.11 
 
 		 304 aa  294  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  47.91 
 
 		 292 aa  268  8e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  48.81 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  47.43 
 
 		 294 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.85 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  46.22 
 
 		 244 aa  211  2e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  48.21 
 
 		 371 aa  206  4e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 321 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 321 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  46.05 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  39.56 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  48.1 
 
 		 311 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  48.1 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  44.66 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 309 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  39.79 
 
 		 309 aa  195  9e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  45.65 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.19 
 
 		 241 aa  193  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.77 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  40.7 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  46.7 
 
 		 310 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  43.35 
 
 		 318 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  41.24 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 312 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  45.75 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  45.75 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 307 aa  185  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  38.8 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  46.7 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  41.46 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.19 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  44.24 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 380 aa  182  7e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  37.99 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.65 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 314 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 314 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 323 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 309 aa  181  9.000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>