More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1716 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
371 aa  775    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  78.14 
 
 
370 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.41 
 
 
373 aa  597  1e-169  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.64 
 
 
372 aa  588  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.37 
 
 
372 aa  590  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.29 
 
 
374 aa  545  1e-154  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.85 
 
 
380 aa  526  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.39 
 
 
355 aa  510  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.11 
 
 
373 aa  510  1e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.41 
 
 
375 aa  494  1e-139  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.96 
 
 
374 aa  492  9.999999999999999e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.6 
 
 
373 aa  487  1e-136  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.43 
 
 
370 aa  484  1e-135  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.5 
 
 
369 aa  479  1e-134  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.16 
 
 
372 aa  476  1e-133  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.49 
 
 
373 aa  468  1.0000000000000001e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.55 
 
 
395 aa  469  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.31 
 
 
373 aa  467  9.999999999999999e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.4 
 
 
380 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4264  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.97 
 
 
379 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000851523  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3134  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.7 
 
 
379 aa  464  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.212476  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4502  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000575969  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.31 
 
 
380 aa  462  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4312  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000048864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4150  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000148017  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4161  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000310592  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.79 
 
 
370 aa  464  1e-129  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4647  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000256565  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  461  1e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000227158  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4551  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000170513  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4536  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  461  1e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000578318  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4497  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  462  1e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000628432 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.18 
 
 
379 aa  457  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.72 
 
 
379 aa  454  1e-127  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1175  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.34 
 
 
368 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0539668  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1203  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
379 aa  453  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.261953  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.63 
 
 
371 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.83 
 
 
370 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.91 
 
 
369 aa  452  1.0000000000000001e-126  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 
394 aa  450  1e-125  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.49 
 
 
371 aa  448  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.25 
 
 
376 aa  449  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.73 
 
 
385 aa  449  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.89 
 
 
370 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.23 
 
 
386 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.45 
 
 
369 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.17 
 
 
367 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0159  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.42 
 
 
382 aa  446  1.0000000000000001e-124  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.95405  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0396  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.62 
 
 
380 aa  441  1e-123  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000954967  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.08 
 
 
371 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
372 aa  441  1e-123  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.08 
 
 
371 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2398  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.68 
 
 
368 aa  441  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000165402  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3258  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.96 
 
 
368 aa  443  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000643926  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.45 
 
 
387 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1307  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.13 
 
 
387 aa  441  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.99285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.53 
 
 
381 aa  442  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 
375 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.1 
 
 
382 aa  443  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1785  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.44 
 
 
380 aa  444  1e-123  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0229472  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 
377 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.37 
 
 
379 aa  438  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.69 
 
 
377 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.37 
 
 
370 aa  438  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1408  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.13 
 
 
387 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.971065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.71 
 
 
370 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.64 
 
 
387 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.22 
 
 
379 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.71 
 
 
375 aa  438  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.81 
 
 
372 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.37 
 
 
381 aa  437  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.99 
 
 
376 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.03 
 
 
383 aa  435  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2542  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.11 
 
 
387 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.213207  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.37 
 
 
374 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  56.99 
 
 
371 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.37 
 
 
374 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.37 
 
 
374 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1321  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.96 
 
 
391 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.89 
 
 
371 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
374 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.95 
 
 
375 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.89 
 
 
377 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.95 
 
 
375 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.89 
 
 
377 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.13 
 
 
374 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.86 
 
 
378 aa  433  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.13 
 
 
374 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.95 
 
 
375 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>