More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1510 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
475 aa  965    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.64 
 
 
584 aa  211  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.64 
 
 
584 aa  211  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  43.22 
 
 
584 aa  210  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.22 
 
 
583 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.22 
 
 
583 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.8 
 
 
590 aa  207  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
585 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
585 aa  203  6e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
585 aa  203  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
585 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  42.31 
 
 
409 aa  200  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.28 
 
 
580 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.83 
 
 
572 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 
592 aa  197  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.43 
 
 
581 aa  196  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  41.35 
 
 
584 aa  192  7e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
590 aa  189  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.29 
 
 
753 aa  189  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
773 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.96 
 
 
632 aa  183  7e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.74 
 
 
786 aa  182  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.42 
 
 
584 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.03 
 
 
883 aa  179  7e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  41.03 
 
 
601 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.45 
 
 
596 aa  176  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.91 
 
 
797 aa  176  8e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.96 
 
 
605 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  41.03 
 
 
582 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  40.6 
 
 
590 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.32 
 
 
766 aa  171  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  38.36 
 
 
351 aa  171  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  40.97 
 
 
306 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  40.17 
 
 
590 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  40.43 
 
 
379 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.57 
 
 
611 aa  169  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  40.53 
 
 
357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 
599 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  35.44 
 
 
284 aa  164  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 
437 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
633 aa  154  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.62 
 
 
734 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.9 
 
 
616 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.77 
 
 
616 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.58 
 
 
409 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.86 
 
 
606 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  35.87 
 
 
356 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.79 
 
 
676 aa  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
613 aa  144  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 
371 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.69 
 
 
612 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.5 
 
 
612 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
615 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
613 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
613 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.45 
 
 
402 aa  139  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  40.54 
 
 
332 aa  138  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 
612 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  33.18 
 
 
255 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 
259 aa  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  38.46 
 
 
239 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
598 aa  137  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 
367 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 
254 aa  136  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  35.45 
 
 
256 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 
613 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  31.27 
 
 
340 aa  135  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  36.36 
 
 
260 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  36.82 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.75 
 
 
594 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.75 
 
 
594 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  40.18 
 
 
453 aa  134  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  37.84 
 
 
454 aa  134  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
413 aa  131  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  32.77 
 
 
416 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  33.59 
 
 
425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  35 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  32.35 
 
 
407 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
447 aa  127  5e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  29.82 
 
 
362 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  38.64 
 
 
456 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  30.08 
 
 
352 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  29.82 
 
 
360 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  40.71 
 
 
443 aa  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  32.13 
 
 
590 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  35.81 
 
 
385 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 
248 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
432 aa  124  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  34.36 
 
 
256 aa  124  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
291 aa  124  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.16 
 
 
848 aa  123  6e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
485 aa  123  8e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  34.4 
 
 
254 aa  123  8e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 
413 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.16 
 
 
806 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.66 
 
 
703 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
587 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
610 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  34.53 
 
 
251 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  33.91 
 
 
403 aa  121  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>