More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1398 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1398  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
295 aa  614  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
296 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
314 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 
304 aa  149  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
300 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  29.76 
 
 
292 aa  142  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.20497e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 
288 aa  141  2e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
288 aa  140  2e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
288 aa  141  2e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
288 aa  141  2e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
288 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
288 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 
288 aa  139  4e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
288 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 
288 aa  138  9e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 
283 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 
288 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
283 aa  136  3e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
283 aa  136  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
283 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
283 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 
283 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
283 aa  136  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 
283 aa  134  2e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
294 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 
283 aa  132  7e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  32.1 
 
 
298 aa  132  8e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
302 aa  131  1e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
287 aa  129  4e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 
312 aa  130  4e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
302 aa  129  9e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 
292 aa  128  9e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
295 aa  128  1e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  30.36 
 
 
288 aa  127  2e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  29.25 
 
 
286 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  6.64485e-08 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  27.46 
 
 
285 aa  125  8e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
297 aa  125  8e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
297 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
283 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
297 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
305 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 
297 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
305 aa  119  8e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
307 aa  118  1e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 
305 aa  118  1e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 
284 aa  117  2e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  30.74 
 
 
302 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
304 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
321 aa  116  4e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5127  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
295 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  33.79 
 
 
321 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
321 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
337 aa  115  7e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
341 aa  115  7e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  33.79 
 
 
341 aa  115  7e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
341 aa  115  7e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
341 aa  115  7e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
284 aa  115  8e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
305 aa  114  1e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
309 aa  114  1e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.32 
 
 
289 aa  114  2e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 
289 aa  114  2e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
289 aa  114  2e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 
293 aa  114  2e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  2.62954e-09  decreased coverage  9.99677e-08 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
283 aa  114  2e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
308 aa  113  4e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  28.36 
 
 
290 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 
296 aa  112  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 
297 aa  112  7e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
289 aa  112  7e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
290 aa  112  8e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 
290 aa  112  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
304 aa  111  1e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0208  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 
298 aa  111  2e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.502619  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0189  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
300 aa  111  2e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
304 aa  110  2e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
304 aa  110  2e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
304 aa  110  2e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
297 aa  110  2e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 
292 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
297 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
297 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
308 aa  110  4e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  1.02783e-05 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.5 
 
 
297 aa  110  4e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0272  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
294 aa  109  4e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
292 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
301 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
305 aa  109  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
297 aa  109  7e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 
297 aa  108  9e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
293 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  28.75 
 
 
284 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  3.91017e-13 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
305 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 
297 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
291 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
291 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
291 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 
297 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
295 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 
305 aa  106  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>