More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1122 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 425 aa  859    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.29 
 
 		 423 aa  426  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.82 
 
 		 423 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.95 
 
 		 432 aa  270  4e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.49 
 
 		 421 aa  266  4e-70  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.24 
 
 		 430 aa  245  9.999999999999999e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.9 
 
 		 432 aa  236  6e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.04 
 
 		 431 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.61 
 
 		 425 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.42 
 
 		 439 aa  231  2e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  33.49 
 
 		 433 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.01 
 
 		 425 aa  226  6e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.11 
 
 		 433 aa  225  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.18 
 
 		 430 aa  224  2e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  33.72 
 
 		 433 aa  223  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.56 
 
 		 431 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.66 
 
 		 424 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.38 
 
 		 424 aa  219  8.999999999999998e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.35 
 
 		 428 aa  218  2e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.67 
 
 		 424 aa  218  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  34.67 
 
 		 426 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.24 
 
 		 429 aa  213  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.02 
 
 		 430 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.02 
 
 		 430 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.02 
 
 		 430 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.55 
 
 		 432 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  32.55 
 
 		 422 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.2 
 
 		 428 aa  205  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  30.35 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  30.35 
 
 		 430 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  32.86 
 
 		 419 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.51 
 
 		 455 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.16 
 
 		 482 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.96 
 
 		 473 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.37 
 
 		 509 aa  164  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.39 
 
 		 418 aa  162  8.000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29 
 
 		 474 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.14 
 
 		 418 aa  161  2e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.96 
 
 		 473 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28 
 
 		 471 aa  160  3e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.93 
 
 		 418 aa  159  6e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.53 
 
 		 473 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  30.66 
 
 		 418 aa  158  1e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.12 
 
 		 418 aa  155  9e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.43 
 
 		 469 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.74 
 
 		 472 aa  152  1e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.51 
 
 		 479 aa  149  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  27.33 
 
 		 471 aa  146  6e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.08 
 
 		 475 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.85 
 
 		 473 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.42 
 
 		 487 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.69 
 
 		 504 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.64 
 
 		 486 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.12 
 
 		 479 aa  143  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  27.89 
 
 		 479 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  28.32 
 
 		 479 aa  141  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  27.95 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.44 
 
 		 488 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.87 
 
 		 504 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.14 
 
 		 473 aa  140  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  27.45 
 
 		 479 aa  137  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.29 
 
 		 449 aa  137  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.64 
 
 		 474 aa  137  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.47 
 
 		 507 aa  136  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.25 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.12 
 
 		 494 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.35 
 
 		 482 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  27.02 
 
 		 455 aa  134  3e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  27.93 
 
 		 494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.48 
 
 		 488 aa  133  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.56 
 
 		 499 aa  133  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.91 
 
 		 494 aa  133  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.98 
 
 		 476 aa  132  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.72 
 
 		 487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.35 
 
 		 474 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.11 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.97 
 
 		 474 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.89 
 
 		 475 aa  130  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.43 
 
 		 474 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.58 
 
 		 489 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.91 
 
 		 485 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.69 
 
 		 494 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  27.85 
 
 		 478 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  27.42 
 
 		 410 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  27.14 
 
 		 476 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  27.09 
 
 		 456 aa  123  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.19 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.14 
 
 		 498 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.02 
 
 		 473 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2174  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.18 
 
 		 455 aa  120  6e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  25.85 
 
 		 456 aa  119  9e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.65 
 
 		 488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.9 
 
 		 469 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.77 
 
 		 485 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1045  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.2 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0084  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  25.64 
 
 		 455 aa  109  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0042117  normal  0.0638209 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2023  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.05 
 
 		 438 aa  108  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.113638 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.95 
 
 		 517 aa  103  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  24.95 
 
 		 526 aa  99.4  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.72 
 
 		 458 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>