More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1048 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 244 aa  502  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  66.12 
 
 		 250 aa  339  2e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  64.08 
 
 		 247 aa  329  3e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  62.7 
 
 		 256 aa  325  5e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  61.89 
 
 		 244 aa  323  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  62.7 
 
 		 244 aa  315  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  58.2 
 
 		 262 aa  296  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  56.97 
 
 		 252 aa  280  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  50.41 
 
 		 244 aa  245  4.9999999999999997e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  48.16 
 
 		 245 aa  241  6e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  47.76 
 
 		 245 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  48.57 
 
 		 245 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 		 244 aa  237  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  47.52 
 
 		 264 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  47.76 
 
 		 245 aa  234  6e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 244 aa  234  9e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  48.36 
 
 		 264 aa  231  5e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 244 aa  221  6e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 244 aa  221  9e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 245 aa  215  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  47.13 
 
 		 246 aa  215  5e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  47.13 
 
 		 246 aa  215  5e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 259 aa  214  9.999999999999999e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  43.39 
 
 		 263 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 250 aa  201  9e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 248 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 		 261 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  43.09 
 
 		 246 aa  199  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 248 aa  199  3e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 247 aa  199  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  41.39 
 
 		 249 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 264 aa  194  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 271 aa  190  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 261 aa  189  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 261 aa  189  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 271 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 262 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 265 aa  188  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 274 aa  188  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 302 aa  188  7e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 258 aa  188  9e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 266 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 269 aa  185  4e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 253 aa  185  5e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 261 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  40.33 
 
 		 245 aa  185  5e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 286 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 		 285 aa  185  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 261 aa  185  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 261 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  185  6e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 332 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 264 aa  183  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 284 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  41.91 
 
 		 269 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 261 aa  182  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 261 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 245 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 260 aa  180  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 283 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 245 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 270 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 245 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 270 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 270 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 270 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  39.26 
 
 		 270 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 246 aa  178  7e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 245 aa  178  8e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 268 aa  178  8e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 261 aa  177  9e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 248 aa  177  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>