272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1025 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 753 aa  1562    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  33.86 
 
 		 1005 aa  298  3e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  35.98 
 
 		 936 aa  292  2e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  35.7 
 
 		 932 aa  291  4e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  35.7 
 
 		 932 aa  290  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  34.15 
 
 		 936 aa  284  6.000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  33.87 
 
 		 907 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  34.04 
 
 		 933 aa  279  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  34.17 
 
 		 1126 aa  277  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  32.81 
 
 		 945 aa  269  1e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  32.06 
 
 		 1131 aa  268  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  32.75 
 
 		 1138 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  32.92 
 
 		 1133 aa  263  6.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  32.24 
 
 		 1115 aa  258  4e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  30.62 
 
 		 1141 aa  254  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  32.95 
 
 		 1137 aa  251  3e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  32.22 
 
 		 1137 aa  251  4e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 1137 aa  250  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 1137 aa  249  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  33.14 
 
 		 1137 aa  249  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  31.02 
 
 		 1115 aa  243  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  33.16 
 
 		 1130 aa  242  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  32.05 
 
 		 1138 aa  239  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  31.23 
 
 		 1113 aa  236  9e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  27.35 
 
 		 845 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  29.74 
 
 		 912 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  30.34 
 
 		 1119 aa  234  6e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  31.38 
 
 		 1129 aa  233  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  30.44 
 
 		 1108 aa  229  1e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  27.14 
 
 		 846 aa  226  1e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  29.9 
 
 		 1233 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  30.38 
 
 		 1125 aa  216  9.999999999999999e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  30.02 
 
 		 770 aa  194  6e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  29.31 
 
 		 787 aa  191  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  28.93 
 
 		 761 aa  191  5.999999999999999e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  29.06 
 
 		 800 aa  190  9e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.15 
 
 		 1157 aa  189  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  29.2 
 
 		 780 aa  186  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  28.6 
 
 		 788 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  30.99 
 
 		 810 aa  181  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  30.83 
 
 		 809 aa  181  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  29.18 
 
 		 776 aa  179  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  30 
 
 		 790 aa  178  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  27.77 
 
 		 954 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  29.69 
 
 		 793 aa  176  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  28.99 
 
 		 780 aa  174  6.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  29.9 
 
 		 824 aa  173  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.94 
 
 		 1080 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  28.17 
 
 		 811 aa  171  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  29.48 
 
 		 889 aa  171  4e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  29.77 
 
 		 825 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  27.73 
 
 		 796 aa  171  7e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  26.19 
 
 		 771 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.47 
 
 		 1174 aa  169  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  29.88 
 
 		 787 aa  169  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  29.18 
 
 		 829 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.06 
 
 		 1068 aa  167  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  28.85 
 
 		 793 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.71 
 
 		 1082 aa  166  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.01 
 
 		 813 aa  166  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  28.15 
 
 		 797 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  27.94 
 
 		 791 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  27.07 
 
 		 917 aa  165  3e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.6 
 
 		 804 aa  165  3e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.18 
 
 		 1068 aa  163  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.09 
 
 		 1188 aa  162  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  26.45 
 
 		 817 aa  162  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  26.94 
 
 		 931 aa  162  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  28.86 
 
 		 821 aa  161  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  28.2 
 
 		 815 aa  160  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.01 
 
 		 1169 aa  160  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  30.71 
 
 		 765 aa  160  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.93 
 
 		 1167 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  27.27 
 
 		 1170 aa  159  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  28.09 
 
 		 815 aa  158  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.06 
 
 		 1169 aa  159  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  27.32 
 
 		 827 aa  158  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  28.65 
 
 		 760 aa  157  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  28.65 
 
 		 760 aa  156  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  27.82 
 
 		 784 aa  154  5.9999999999999996e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.52 
 
 		 1126 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  27.82 
 
 		 784 aa  154  5.9999999999999996e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  25.76 
 
 		 776 aa  153  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  28.26 
 
 		 893 aa  153  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  27.04 
 
 		 924 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  26.3 
 
 		 899 aa  151  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  26.82 
 
 		 860 aa  150  8e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  27.15 
 
 		 907 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  25.43 
 
 		 918 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  27.48 
 
 		 783 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  25.24 
 
 		 770 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  26.17 
 
 		 824 aa  149  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.6 
 
 		 783 aa  149  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  26.52 
 
 		 934 aa  148  3e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  27.65 
 
 		 811 aa  148  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  27.56 
 
 		 802 aa  149  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 921 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  26.38 
 
 		 803 aa  146  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  26.38 
 
 		 803 aa  146  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  24.39 
 
 		 875 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>