More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0888 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0743  NAD-dependent dehydrogenase subunit  68.54 
 
 
505 aa  707    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  64.5 
 
 
502 aa  682    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2597  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  65.55 
 
 
506 aa  694    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0888  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  100 
 
 
507 aa  1046    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2554  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  62.18 
 
 
506 aa  655    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0340  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  63.27 
 
 
504 aa  674    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0164129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3188  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  61.12 
 
 
503 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.377236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1073  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  61.48 
 
 
503 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.1537600000000002e-34 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3785  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  53.92 
 
 
515 aa  530  1e-149  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.315955 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2466  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  52.35 
 
 
499 aa  515  1.0000000000000001e-145  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278234  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2622  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  51.4 
 
 
493 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3800  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  52.41 
 
 
521 aa  503  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3717  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  52.21 
 
 
521 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.000990438  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3659  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  52.41 
 
 
521 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0774  NAD-dependent dehydrogenase subunit  46.22 
 
 
565 aa  449  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.133337  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0939  hydrogenase, component E-formate hydrogenlyase subunit 5-like protein  39.85 
 
 
518 aa  387  1e-106  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.297277  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3280  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  40.62 
 
 
498 aa  341  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0795  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.15 
 
 
525 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3217  hypothetical protein  40.14 
 
 
513 aa  273  4.0000000000000004e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.728125  normal  0.0835857 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3430  hypothetical protein  39.91 
 
 
513 aa  272  9e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0699  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  33.12 
 
 
524 aa  272  1e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.758996  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.2 
 
 
501 aa  265  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.679833  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2464  NADH dehydrogenase (quinone)  35.07 
 
 
531 aa  265  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.511351  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0325  putative formate hydrogenlyase subunit  32.53 
 
 
515 aa  257  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4667  hydrogenase 4 subunit G  35.26 
 
 
514 aa  256  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.986005  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1138  hydrogenase subunit  34.63 
 
 
527 aa  256  8e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0311036  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4707  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.58 
 
 
486 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3288  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.36 
 
 
519 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.14856  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0933  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.5 
 
 
502 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1264  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.2 
 
 
503 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0324503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2478  NADH dehydrogenase (quinone)  37.27 
 
 
492 aa  252  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.487557 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2989  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.24 
 
 
506 aa  250  3e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.016212  hitchhiker  0.00562837 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0920  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.33 
 
 
516 aa  249  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0175  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit  34.64 
 
 
522 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1687  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.63 
 
 
530 aa  248  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2153  hydrogenase-4, G subunit  34.33 
 
 
515 aa  244  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1811  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  34.33 
 
 
515 aa  244  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  32.65 
 
 
524 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289137 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1123  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  35.28 
 
 
526 aa  244  3.9999999999999997e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.165135  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1303  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  33.33 
 
 
478 aa  238  1e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1818  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  35.35 
 
 
519 aa  238  2e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.207478  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1400  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.01 
 
 
482 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1317  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  33.68 
 
 
526 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10088  formate hydrogenase hycE  35.08 
 
 
492 aa  233  6e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.301164  normal  0.197013 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3851  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.73 
 
 
503 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.425582  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1571  hydrogenase, group 4, HycE subunit, putative  33.47 
 
 
526 aa  229  8e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0265592  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4284  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.02 
 
 
551 aa  229  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4465  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  38.21 
 
 
391 aa  228  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.314486  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1265  hydrogenase-3, subunit E  36.34 
 
 
559 aa  226  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0101141  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  30.94 
 
 
574 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1449  hydrogenase, HycE subunit  33.06 
 
 
526 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0376579  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1613  putative hydrogenase subunit  32.71 
 
 
574 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0107  hydrogenase subunit  32.71 
 
 
567 aa  207  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1528  putative hydrogenase subunit  32.71 
 
 
574 aa  207  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  28.57 
 
 
567 aa  191  4e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  29.78 
 
 
571 aa  187  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  29.91 
 
 
571 aa  187  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  29.53 
 
 
571 aa  184  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  29.59 
 
 
571 aa  183  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.72 
 
 
575 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1790  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.05 
 
 
518 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.57722  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.63 
 
 
567 aa  182  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.51 
 
 
575 aa  179  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0728  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  32.51 
 
 
499 aa  177  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0174132  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  29.21 
 
 
569 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  29.21 
 
 
569 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  29.21 
 
 
569 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  29.21 
 
 
569 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  29.21 
 
 
569 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  28.83 
 
 
569 aa  176  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  28.83 
 
 
569 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.83 
 
 
569 aa  176  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.83 
 
 
569 aa  176  8e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  28.83 
 
 
569 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  28.83 
 
 
569 aa  176  8e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  28.83 
 
 
569 aa  176  9e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  28.83 
 
 
576 aa  176  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  28.83 
 
 
576 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  29.43 
 
 
361 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  29.18 
 
 
569 aa  172  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  28.29 
 
 
571 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  28.97 
 
 
555 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.97 
 
 
555 aa  171  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.97 
 
 
555 aa  171  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  28.97 
 
 
555 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  27.63 
 
 
579 aa  170  6e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  28.79 
 
 
555 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  29.23 
 
 
419 aa  166  6.9999999999999995e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  27.29 
 
 
576 aa  163  8.000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  27.6 
 
 
578 aa  162  1e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.99 
 
 
561 aa  162  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1942  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.07 
 
 
787 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.03 
 
 
361 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  27.5 
 
 
578 aa  159  9e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  29.19 
 
 
377 aa  157  6e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.19 
 
 
366 aa  156  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0178  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  29.67 
 
 
794 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  25.11 
 
 
537 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3823  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  28.02 
 
 
580 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.203539  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0160  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  29.82 
 
 
794 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.155081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>