97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0549 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 385 aa  796    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  40.71 
 
 		 418 aa  290  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  40.71 
 
 		 418 aa  290  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  35.73 
 
 		 397 aa  235  8e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  34.33 
 
 		 419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  32.09 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  40.3 
 
 		 425 aa  196  8.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  31.71 
 
 		 416 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  37.72 
 
 		 436 aa  192  9e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  35.65 
 
 		 483 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  33.43 
 
 		 438 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  37.31 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  26.93 
 
 		 422 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  35.93 
 
 		 422 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 		 417 aa  143  5e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  47.79 
 
 		 388 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  35.57 
 
 		 420 aa  139  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.32 
 
 		 413 aa  139  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  34.6 
 
 		 412 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  34.14 
 
 		 375 aa  136  5e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.94 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.85 
 
 		 205 aa  123  5e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  40.76 
 
 		 374 aa  123  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.01 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  35.92 
 
 		 364 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  41.98 
 
 		 351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  38.19 
 
 		 414 aa  113  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.44 
 
 		 429 aa  110  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.02 
 
 		 428 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.46 
 
 		 432 aa  96.3  8e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.21 
 
 		 442 aa  95.1  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  35.82 
 
 		 405 aa  93.6  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  24.47 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  27.32 
 
 		 412 aa  87  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 		 549 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.38 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  30.98 
 
 		 561 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  22.91 
 
 		 392 aa  83.6  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 		 447 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.88 
 
 		 620 aa  80.9  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  27.2 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.61 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  39.76 
 
 		 91 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25.42 
 
 		 412 aa  75.1  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  31.14 
 
 		 363 aa  73.9  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.84 
 
 		 479 aa  73.6  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.55 
 
 		 428 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  23.1 
 
 		 440 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  27.03 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  27.03 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 		 430 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.13 
 
 		 493 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 		 411 aa  67  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.23 
 
 		 446 aa  65.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  29.34 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  27.44 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  23.3 
 
 		 453 aa  63.2  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  22.16 
 
 		 439 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  27.87 
 
 		 303 aa  62  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  24.73 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  29.41 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  22.07 
 
 		 364 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  24.25 
 
 		 451 aa  60.5  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  23.18 
 
 		 424 aa  60.5  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  24.48 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.83 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 		 577 aa  59.7  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  28 
 
 		 400 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  23.93 
 
 		 438 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  24.06 
 
 		 485 aa  57.8  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  19.21 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 427 aa  57  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  23.59 
 
 		 428 aa  56.2  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 444 aa  55.1  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.1 
 
 		 435 aa  53.9  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 		 388 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  23.15 
 
 		 398 aa  52.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1564  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.49 
 
 		 1134 aa  51.6  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 		 393 aa  50.8  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 427 aa  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  20.9 
 
 		 429 aa  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 420 aa  47.4  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25 
 
 		 382 aa  45.8  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  31.63 
 
 		 372 aa  46.2  0.001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  21.69 
 
 		 595 aa  44.7  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  24.35 
 
 		 589 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 402 aa  43.5  0.006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.33 
 
 		 398 aa  43.5  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 340 aa  43.1  0.007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  29.41 
 
 		 409 aa  43.5  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.82 
 
 		 471 aa  43.1  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  29.41 
 
 		 426 aa  43.1  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>