More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0504 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
471 aa  969    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  32.26 
 
 
489 aa  239  9e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.81 
 
 
459 aa  218  2e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.71 
 
 
472 aa  217  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
470 aa  212  1e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.7 
 
 
472 aa  209  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.9 
 
 
485 aa  205  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  30.44 
 
 
473 aa  203  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  30.97 
 
 
472 aa  203  5e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.98 
 
 
441 aa  202  8e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 
529 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.29 
 
 
441 aa  196  9e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.2 
 
 
524 aa  193  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  31.98 
 
 
520 aa  192  9e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 
487 aa  192  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 
502 aa  187  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 
451 aa  186  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  30.23 
 
 
520 aa  184  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 
488 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.25 
 
 
484 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  31.52 
 
 
459 aa  179  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  28.63 
 
 
487 aa  178  2e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 
461 aa  176  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  31.27 
 
 
468 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
521 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  30.03 
 
 
548 aa  167  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 
476 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  30.42 
 
 
444 aa  162  1e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28 
 
 
583 aa  161  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.1 
 
 
473 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
471 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  28.07 
 
 
462 aa  160  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
490 aa  160  6e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.1 
 
 
473 aa  159  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 
576 aa  159  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  28.46 
 
 
516 aa  159  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 
564 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.6 
 
 
576 aa  158  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  29.08 
 
 
552 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 
468 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  26.39 
 
 
566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 
476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.98 
 
 
518 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.66 
 
 
476 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.98 
 
 
475 aa  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.98 
 
 
475 aa  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.25 
 
 
512 aa  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  29.81 
 
 
425 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  30.59 
 
 
484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  25.47 
 
 
489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.29 
 
 
478 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  31.99 
 
 
476 aa  147  5e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.47 
 
 
488 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.39 
 
 
501 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.42 
 
 
485 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.64 
 
 
563 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  25.94 
 
 
494 aa  144  3e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 
503 aa  144  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.86 
 
 
533 aa  144  4e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  25.94 
 
 
494 aa  144  4e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.09 
 
 
608 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  26.35 
 
 
501 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.33 
 
 
564 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.03 
 
 
612 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  28.3 
 
 
461 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  29.73 
 
 
608 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 
723 aa  140  6e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  27.13 
 
 
469 aa  140  6e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.69 
 
 
674 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.77 
 
 
677 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.53 
 
 
554 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.11 
 
 
494 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 
507 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 
506 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
497 aa  139  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  32.26 
 
 
479 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  32.26 
 
 
479 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 
506 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.57 
 
 
609 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  31.32 
 
 
618 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  27.22 
 
 
501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 
474 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  26.83 
 
 
506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
494 aa  134  3e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.42 
 
 
567 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 
426 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 
556 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.75 
 
 
474 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.66 
 
 
681 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.01 
 
 
609 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  27.2 
 
 
458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.19 
 
 
534 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.61 
 
 
528 aa  131  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.84 
 
 
527 aa  130  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  30 
 
 
864 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 
539 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.46 
 
 
547 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 
681 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  24.88 
 
 
474 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>