More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0273 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
333 aa  677    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  73.4 
 
 
331 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  69.38 
 
 
342 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  69.94 
 
 
341 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  69.11 
 
 
341 aa  432  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  54.37 
 
 
303 aa  292  5e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2986  dihydrouridine synthase, DuS  61.18 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  37.3 
 
 
378 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 
352 aa  150  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.39 
 
 
354 aa  149  9e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.81 
 
 
346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.39 
 
 
347 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.96 
 
 
348 aa  142  6e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.58 
 
 
347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 
347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  36.68 
 
 
384 aa  140  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  29.84 
 
 
335 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.84 
 
 
333 aa  136  4e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  28.1 
 
 
324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.78 
 
 
342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  30.88 
 
 
362 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  31.93 
 
 
349 aa  129  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.37 
 
 
327 aa  129  7.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  29.71 
 
 
314 aa  127  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  30.6 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.23 
 
 
370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.21 
 
 
335 aa  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  32.91 
 
 
333 aa  126  5e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.36 
 
 
335 aa  126  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.08 
 
 
326 aa  126  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.36 
 
 
330 aa  125  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.61 
 
 
335 aa  125  9e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  29.35 
 
 
320 aa  125  1e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.1 
 
 
335 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  32.21 
 
 
326 aa  123  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  30.22 
 
 
332 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  30.89 
 
 
320 aa  122  7e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.25 
 
 
332 aa  122  8e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.14 
 
 
356 aa  122  9e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.51 
 
 
351 aa  122  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  29.07 
 
 
309 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.18 
 
 
337 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  33.46 
 
 
335 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1645  dihydrouridine synthase DuS  31.68 
 
 
352 aa  120  1.9999999999999998e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.173532 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  33.04 
 
 
352 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.71 
 
 
325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.34 
 
 
320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  35.21 
 
 
342 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1054  dihydrouridine synthase DuS  26.43 
 
 
311 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  29.45 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.37 
 
 
333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  28.36 
 
 
331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  28.46 
 
 
330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  29.62 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.46 
 
 
330 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.99 
 
 
328 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  33.48 
 
 
318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.23 
 
 
324 aa  116  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  28.79 
 
 
307 aa  116  5e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  30.6 
 
 
333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  28.53 
 
 
315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.55 
 
 
308 aa  115  7.999999999999999e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.03 
 
 
348 aa  115  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.96 
 
 
362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  29.7 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1482  dihydrouridine synthase family protein  25.45 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000217324  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.83 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  31.23 
 
 
347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  29.7 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  29.89 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  30.87 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  28.1 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  29.07 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.22 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.97 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1273  dihydrouridine synthase family protein  25.81 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.843625  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.82 
 
 
332 aa  114  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 
332 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 
332 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 
332 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  29.03 
 
 
324 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.48 
 
 
332 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.48 
 
 
332 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  28.21 
 
 
317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  33.21 
 
 
327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  28.21 
 
 
317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  28.21 
 
 
317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  30.68 
 
 
326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.36 
 
 
326 aa  113  5e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  35.64 
 
 
341 aa  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.38 
 
 
327 aa  112  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  29.89 
 
 
370 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  29.13 
 
 
310 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.97 
 
 
350 aa  112  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  28.34 
 
 
315 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  29.07 
 
 
315 aa  112  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.71 
 
 
353 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>