More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0124 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  59.68 
 
 
624 aa  728    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
625 aa  1268    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  55.97 
 
 
623 aa  634  1e-180  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  55.06 
 
 
589 aa  609  1e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  53.71 
 
 
616 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  49.68 
 
 
622 aa  593  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  56.36 
 
 
490 aa  474  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  48.71 
 
 
609 aa  424  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  30.69 
 
 
562 aa  203  7e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  29.98 
 
 
600 aa  192  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  30.88 
 
 
557 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  32.41 
 
 
656 aa  189  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  30.17 
 
 
557 aa  188  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  28.05 
 
 
583 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 
570 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  30.26 
 
 
569 aa  174  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  27.55 
 
 
559 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 
559 aa  170  6e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  27.79 
 
 
584 aa  170  6e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 
575 aa  165  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  26.03 
 
 
590 aa  157  8e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  29.48 
 
 
504 aa  153  1e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  25.47 
 
 
590 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 
581 aa  148  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  26.84 
 
 
502 aa  146  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  26.61 
 
 
535 aa  145  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 
669 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 
646 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.28 
 
 
583 aa  140  7.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.89 
 
 
551 aa  131  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  27.85 
 
 
552 aa  131  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  29.28 
 
 
505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 
625 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.15 
 
 
512 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  29.21 
 
 
504 aa  127  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  26.73 
 
 
536 aa  126  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 
518 aa  123  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  28.05 
 
 
530 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  27.45 
 
 
530 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.27 
 
 
472 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 
556 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.34 
 
 
564 aa  113  9e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  26.38 
 
 
524 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 
472 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.35 
 
 
563 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.83 
 
 
554 aa  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  29.01 
 
 
437 aa  105  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
468 aa  100  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
502 aa  100  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 
520 aa  99  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 
473 aa  98.2  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 
564 aa  97.8  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
524 aa  97.4  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  27.34 
 
 
461 aa  95.9  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25 
 
 
723 aa  95.5  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 
529 aa  95.5  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  31.27 
 
 
459 aa  94.4  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 
540 aa  93.6  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.44 
 
 
533 aa  92.8  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  23.83 
 
 
461 aa  92.4  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.26 
 
 
459 aa  90.9  7e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.33 
 
 
674 aa  90.5  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.11 
 
 
472 aa  90.1  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.16 
 
 
520 aa  89.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 
488 aa  89  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  26.65 
 
 
467 aa  87.4  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  26.45 
 
 
864 aa  87  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  27.18 
 
 
501 aa  86.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  28.08 
 
 
471 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 
424 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  26.6 
 
 
424 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
480 aa  84.7  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  24.02 
 
 
426 aa  85.1  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  23.97 
 
 
459 aa  84.7  0.000000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.13 
 
 
677 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 
487 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.87 
 
 
479 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  25.08 
 
 
486 aa  82.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 
501 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 
516 aa  82.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.2 
 
 
489 aa  82  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.02 
 
 
548 aa  81.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  23.93 
 
 
471 aa  80.9  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  24.86 
 
 
461 aa  80.9  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 
521 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.84 
 
 
441 aa  79.7  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  24.75 
 
 
545 aa  79.7  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
539 aa  79  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.28 
 
 
618 aa  78.2  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  23.53 
 
 
566 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25 
 
 
681 aa  78.2  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  23.93 
 
 
494 aa  77.8  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  22.56 
 
 
425 aa  77.4  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 
473 aa  77.8  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  23.93 
 
 
494 aa  77.4  0.0000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.65 
 
 
484 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  23.01 
 
 
494 aa  77.4  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  22.92 
 
 
462 aa  77  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4370  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 
501 aa  77  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  26.45 
 
 
473 aa  76.6  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>