More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0004 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0004  DNA gyrase, B subunit  80.18 
 
 
796 aa  1275  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0003  DNA gyrase subunit B  51.04 
 
 
823 aa  771  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0806649  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4226  DNA gyrase subunit B  54.38 
 
 
804 aa  822  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.765134  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1285  DNA gyrase, B subunit  47.28 
 
 
852 aa  701  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0005  DNA gyrase, B subunit  52.75 
 
 
825 aa  808  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  1.46448e-06 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0003  DNA gyrase subunit B  51.32 
 
 
823 aa  760  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211892  hitchhiker  0.00365115 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0819  DNA gyrase, B subunit  53.06 
 
 
817 aa  781  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.829459  normal  0.98352 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0005  DNA gyrase subunit B  52.86 
 
 
814 aa  786  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0657  DNA gyrase, B subunit  50.65 
 
 
861 aa  757  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.763999  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0003  DNA gyrase subunit B  50.85 
 
 
824 aa  759  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.538686 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0003  DNA gyrase, B subunit  48.82 
 
 
832 aa  743  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0724029  normal  0.0722311 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0003  DNA gyrase, B subunit  50.36 
 
 
864 aa  762  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.65074e-05 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0005  DNA gyrase subunit B  53.11 
 
 
814 aa  787  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5333  DNA gyrase, B subunit  52.5 
 
 
808 aa  791  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.248882  normal  0.0644472 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0003  DNA gyrase subunit B  50.06 
 
 
824 aa  760  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0004  DNA gyrase, B subunit  55.38 
 
 
805 aa  834  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.545421  hitchhiker  3.87143e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0319  DNA gyrase, B subunit  51.41 
 
 
814 aa  803  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0003  DNA gyrase subunit B  50.12 
 
 
842 aa  764  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03480  DNA gyrase subunit B  51.46 
 
 
814 aa  787  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  61.95 
 
 
640 aa  724  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0004  DNA gyrase, B subunit  54.02 
 
 
795 aa  816  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00006  DNA gyrase subunit B  55.97 
 
 
806 aa  844  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00261354  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1622  DNA gyrase, B subunit  50.06 
 
 
786 aa  760  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4047  DNA gyrase subunit B  54.31 
 
 
804 aa  829  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4169  DNA gyrase subunit B  54.31 
 
 
804 aa  829  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.994459  normal  0.269221 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4120  DNA gyrase subunit B  54.31 
 
 
804 aa  829  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0004  DNA gyrase subunit B  50.85 
 
 
819 aa  757  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0307059 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0016  DNA gyrase, B subunit  61.03 
 
 
649 aa  686  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00028541  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  60.22 
 
 
644 aa  693  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  1.55334e-06 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0004  DNA gyrase subunit B  52.01 
 
 
813 aa  764  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  59.71 
 
 
644 aa  682  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1109  hypothetical protein  56.17 
 
 
651 aa  657  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.432981 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0004  DNA gyrase, B subunit  75.66 
 
 
802 aa  1220  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0015  DNA gyrase, B subunit  60.85 
 
 
643 aa  683  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00473367  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0964  DNA gyrase, B subunit  50.68 
 
 
812 aa  756  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.780109  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2509  DNA gyrase, B subunit  52.5 
 
 
815 aa  782  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.684538 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0004  DNA gyrase subunit B  54.12 
 
 
806 aa  810  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.727488  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4064  DNA gyrase subunit B  54.5 
 
 
804 aa  827  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0861092  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0009  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  54.31 
 
 
813 aa  827  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.983538  hitchhiker  7.05515e-09 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1850  DNA gyrase subunit B  51.37 
 
 
769 aa  756  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4209  DNA gyrase subunit B  54.38 
 
 
804 aa  825  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00242077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3912  DNA gyrase subunit B  54.38 
 
 
804 aa  825  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.139583  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00445  DNA gyrase subunit B  54.24 
 
 
805 aa  825  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  52.95 
 
 
653 aa  637  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0005  DNA gyrase subunit B  65.08 
 
 
810 aa  713  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.124529  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1873  DNA gyrase, B subunit  51.29 
 
 
813 aa  767  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0007  DNA gyrase, B subunit  52.54 
 
 
814 aa  796  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.27648e-15 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2054  DNA gyrase subunit B  50.31 
 
 
770 aa  739  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0004  DNA gyrase subunit B  50.19 
 
 
768 aa  725  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0782517  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4150  DNA gyrase subunit B  55.25 
 
 
804 aa  825  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0128391  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0003  DNA gyrase subunit B  49.57 
 
 
769 aa  749  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0004  DNA gyrase, B subunit  55.03 
 
 
795 aa  825  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.904157 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  60.5 
 
 
640 aa  664  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0139  DNA gyrase subunit B  51.7 
 
 
807 aa  778  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837084  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0035  DNA gyrase subunit B  55.39 
 
 
804 aa  834  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.373833  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0004  DNA gyrase, B subunit  52.83 
 
 
813 aa  814  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.821769  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0095  DNA gyrase, B subunit  51.46 
 
 
814 aa  795  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0142901  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0004  DNA gyrase subunit B  54.38 
 
 
804 aa  825  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.873229  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0004  DNA gyrase subunit B  55.25 
 
 
804 aa  825  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  59.3 
 
 
635 aa  664  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0157  DNA gyrase subunit B  50.12 
 
 
830 aa  726  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374605  normal  0.0722836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0006  DNA gyrase subunit B  53.55 
 
 
806 aa  808  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  63.86 
 
 
633 aa  706  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  6.95632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0005  DNA gyrase subunit B  61.01 
 
 
640 aa  665  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2577  DNA gyrase, B subunit  52.32 
 
 
815 aa  785  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0788764  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4174  DNA gyrase subunit B  55.25 
 
 
804 aa  825  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.274174  normal  0.0336166 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0005  DNA gyrase, B subunit  65.27 
 
 
808 aa  714  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.24797e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0003  DNA gyrase subunit B  49.52 
 
 
824 aa  759  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326353  hitchhiker  0.000981669 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0003  DNA gyrase, B subunit  50.18 
 
 
859 aa  763  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.202279  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  59.29 
 
 
642 aa  652  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0004  DNA gyrase, B subunit  53.84 
 
 
805 aa  820  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.801274  hitchhiker  0.00617019 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17611  DNA gyrase subunit B  56.45 
 
 
658 aa  637  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.616229  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3355  DNA gyrase subunit B  54.13 
 
 
805 aa  793  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.784759 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0004  DNA gyrase, B subunit  53.84 
 
 
805 aa  820  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.986187  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06825  DNA gyrase subunit B  55.56 
 
 
645 aa  641  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0005  DNA gyrase, B subunit  59.79 
 
 
637 aa  640  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  57.24 
 
 
648 aa  637  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  4.66462e-07  hitchhiker  9.32752e-07 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2729  DNA gyrase, B subunit  59.47 
 
 
641 aa  664  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.739794  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3095  DNA gyrase, B subunit  53.93 
 
 
803 aa  809  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0405  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  59.31 
 
 
633 aa  646  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  59.04 
 
 
645 aa  654  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  56.02 
 
 
654 aa  647  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  58.94 
 
 
637 aa  668  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0403  DNA gyrase, B subunit  56.33 
 
 
659 aa  638  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0862  DNA gyrase, B subunit  58.51 
 
 
652 aa  648  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557988 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4986  DNA gyrase, B subunit  57.09 
 
 
651 aa  648  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639656  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0004  DNA gyrase, B subunit  80.93 
 
 
796 aa  1282  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.783567 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0004  DNA gyrase subunit B  53.65 
 
 
805 aa  814  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.777143  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0004  DNA gyrase subunit B  53.77 
 
 
803 aa  816  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03526  hypothetical protein  54.38 
 
 
804 aa  825  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0004  DNA gyrase subunit B  54.56 
 
 
803 aa  830  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.428577  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0006  DNA gyrase, B subunit  62.39 
 
 
635 aa  673  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.98095 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2472  DNA gyrase, B subunit  53.9 
 
 
794 aa  797  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  1.84576e-05  decreased coverage  7.43586e-06 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0005  DNA gyrase subunit B  61.37 
 
 
640 aa  667  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0006  DNA gyrase subunit B  61.4 
 
 
647 aa  637  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.195447  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  60 
 
 
637 aa  667  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0450  DNA topoisomerase type IIA subunit B region 2 domain protein  45.01 
 
 
824 aa  655  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0306  DNA gyrase, B subunit  60.66 
 
 
643 aa  657  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.337431  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0004  DNA gyrase, B subunit  53.37 
 
 
810 aa  805  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  61.27 
 
 
644 aa  663  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>