223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0015 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 73 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0053  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.30391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0002  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0057  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.194543  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27110  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0008  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0003  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 89 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0049  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0060  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0069  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140989  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0051  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.23821 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>