More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4898 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
586 aa  1133    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  60.11 
 
 
583 aa  655    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  72.26 
 
 
611 aa  743    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  63.33 
 
 
610 aa  650    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  63.64 
 
 
573 aa  654    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  60.04 
 
 
573 aa  637    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  60.5 
 
 
582 aa  633  1e-180  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  60.14 
 
 
582 aa  634  1e-180  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  60.14 
 
 
582 aa  634  1e-180  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  58.3 
 
 
582 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  57.94 
 
 
582 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  58.12 
 
 
581 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  58.12 
 
 
581 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  54.32 
 
 
629 aa  570  1e-161  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  51.36 
 
 
585 aa  558  1e-158  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  54.99 
 
 
592 aa  554  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  55.99 
 
 
694 aa  548  1e-155  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  51.37 
 
 
602 aa  522  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  52.59 
 
 
580 aa  525  1e-147  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  54.82 
 
 
602 aa  481  1e-134  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  44.35 
 
 
663 aa  455  1.0000000000000001e-126  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  45.39 
 
 
678 aa  430  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  49 
 
 
531 aa  424  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  47.39 
 
 
531 aa  421  1e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  43.93 
 
 
664 aa  418  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  52.62 
 
 
525 aa  409  1e-113  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  42.98 
 
 
600 aa  411  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  47.76 
 
 
574 aa  405  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  45.47 
 
 
577 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  43.94 
 
 
662 aa  404  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  41.3 
 
 
671 aa  395  1e-109  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  44.52 
 
 
651 aa  373  1e-102  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  41.29 
 
 
639 aa  359  7e-98  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  37.33 
 
 
546 aa  356  6.999999999999999e-97  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  39.67 
 
 
573 aa  354  2e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  46.73 
 
 
603 aa  352  8.999999999999999e-96  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  39.44 
 
 
503 aa  350  4e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  37.76 
 
 
548 aa  349  7e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  37.76 
 
 
548 aa  349  7e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  43.02 
 
 
580 aa  348  2e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  44.17 
 
 
606 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  37.87 
 
 
523 aa  342  9e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  40.52 
 
 
498 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  38.97 
 
 
508 aa  335  1e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  41.13 
 
 
497 aa  335  1e-90  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  40.36 
 
 
504 aa  333  4e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  38.68 
 
 
490 aa  332  1e-89  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  38 
 
 
494 aa  330  4e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  42.93 
 
 
506 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  35.31 
 
 
637 aa  327  3e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  38.89 
 
 
505 aa  327  5e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  38.93 
 
 
505 aa  323  6e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  38.93 
 
 
505 aa  323  6e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  38.74 
 
 
505 aa  322  9.000000000000001e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  38.74 
 
 
505 aa  322  9.000000000000001e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  38.74 
 
 
505 aa  322  9.000000000000001e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  38.74 
 
 
505 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  34.24 
 
 
532 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  34.43 
 
 
530 aa  321  3e-86  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  38.34 
 
 
505 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  39.1 
 
 
504 aa  320  6e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  38.54 
 
 
504 aa  320  6e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  36.23 
 
 
550 aa  317  3e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  39.23 
 
 
516 aa  316  8e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  34.82 
 
 
516 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  39.47 
 
 
516 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  39.47 
 
 
516 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  39.47 
 
 
516 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  37.5 
 
 
558 aa  315  1.9999999999999998e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  34.75 
 
 
516 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  43.52 
 
 
659 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  39.23 
 
 
516 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  39.23 
 
 
516 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  43.42 
 
 
593 aa  313  5.999999999999999e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  38.76 
 
 
516 aa  313  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  43.52 
 
 
659 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  42.11 
 
 
554 aa  312  7.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  42.55 
 
 
619 aa  312  9e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  40.89 
 
 
657 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  38.95 
 
 
545 aa  311  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  38.66 
 
 
698 aa  310  6.999999999999999e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  38.52 
 
 
516 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  36.34 
 
 
681 aa  307  3e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  42.04 
 
 
514 aa  306  6e-82  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  36.99 
 
 
520 aa  306  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  36.99 
 
 
520 aa  306  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1122  transporter, BCCT family protein  39.62 
 
 
515 aa  305  2.0000000000000002e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  35.85 
 
 
583 aa  305  2.0000000000000002e-81  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  42.82 
 
 
538 aa  303  6.000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  33.7 
 
 
551 aa  303  7.000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  41.99 
 
 
606 aa  303  8.000000000000001e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  39.85 
 
 
556 aa  302  1e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  39.71 
 
 
667 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  36.25 
 
 
529 aa  301  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  36.19 
 
 
695 aa  300  4e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  40 
 
 
660 aa  300  5e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  34.5 
 
 
544 aa  300  5e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 
661 aa  300  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0292  BCCT transporter  41.84 
 
 
513 aa  299  9e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0419043 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  40.19 
 
 
667 aa  299  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>