More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4610 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  515  1e-145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.18 
 
 
248 aa  317  9e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.08 
 
 
248 aa  310  1e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.94 
 
 
254 aa  295  3e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.34 
 
 
250 aa  295  4e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  62.81 
 
 
245 aa  292  3e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.71 
 
 
255 aa  277  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.75 
 
 
250 aa  271  5e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.908331 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
254 aa  268  6e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0397  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.4 
 
 
254 aa  268  8e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09810  short-chain alcohol dehydrogenase  57.79 
 
 
261 aa  259  4e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0913042  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23940  short-chain alcohol dehydrogenase  57.03 
 
 
280 aa  254  9e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.393654  normal  0.784232 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
259 aa  245  6e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2571  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
252 aa  241  1e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.83336 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
243 aa  238  7e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10492  short-chain type oxidoreductase  57.98 
 
 
251 aa  233  2e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.17 
 
 
252 aa  233  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.04 
 
 
262 aa  232  4e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
253 aa  231  9e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.71935e-09 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02630  short-chain alcohol dehydrogenase  56.2 
 
 
243 aa  230  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396729  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2400  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
253 aa  229  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
252 aa  229  5e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24130  short-chain alcohol dehydrogenase  54.05 
 
 
266 aa  228  8e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
251 aa  221  8e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.410016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
251 aa  220  1e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.196644  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
251 aa  220  1e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.60736  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
253 aa  220  2e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.659943  normal  0.282121 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.2 
 
 
264 aa  213  2e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09940  short-chain alcohol dehydrogenase  50 
 
 
264 aa  211  1e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.920602  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
251 aa  209  4e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.295469  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.45 
 
 
261 aa  204  1e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.04 
 
 
227 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0791624  normal  0.128025 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  37.01 
 
 
257 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  36.61 
 
 
257 aa  175  7e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
249 aa  173  3e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
252 aa  169  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0691773  normal  0.0221679 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
254 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.8 
 
 
253 aa  166  2e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
248 aa  165  6e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
248 aa  165  7e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
248 aa  165  7e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
248 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
254 aa  164  1e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
248 aa  163  2e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.295991  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
248 aa  164  2e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
248 aa  163  2e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  42.57 
 
 
255 aa  162  5e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3894  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
248 aa  162  5e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1378  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.44 
 
 
248 aa  162  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.73447  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
250 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445367  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.26 
 
 
248 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.964469  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3198  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.26 
 
 
248 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2666  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.26 
 
 
248 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.99175  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0832  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.26 
 
 
248 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2076  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.26 
 
 
248 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1944  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.26 
 
 
248 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1968  glucose/ribitol dehydrogenase  40.25 
 
 
250 aa  159  5e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140483 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  36.51 
 
 
252 aa  159  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3251  putative short-chain dehydrogenase  44.26 
 
 
248 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
250 aa  158  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
253 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
250 aa  158  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0530041  hitchhiker  0.00231678 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
250 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22723  normal  0.897045 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
258 aa  155  8e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0189644  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
257 aa  153  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
250 aa  153  3e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00618  conserved hypothetical protein  38.11 
 
 
268 aa  153  3e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.767704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
253 aa  153  3e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
250 aa  152  4e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  34.13 
 
 
258 aa  152  5e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
256 aa  152  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
253 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
251 aa  150  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
252 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
254 aa  149  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0488  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.34 
 
 
253 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.596302  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
248 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467056  normal  0.141575 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
256 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565969  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.73 
 
 
258 aa  148  8e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
253 aa  147  1e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
257 aa  147  1e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3915  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.85 
 
 
248 aa  147  1e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
261 aa  147  2e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
250 aa  146  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01250  short-chain dehydrogenase, putative  39.34 
 
 
282 aa  146  4e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.55 
 
 
249 aa  145  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  38.89 
 
 
253 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
256 aa  145  6e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1893  3-hydroxy acid dehydrogenase  38.21 
 
 
249 aa  145  8e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0730  oxidoreductase protein  40.82 
 
 
262 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.73 
 
 
249 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80053  NADP(+)-dependent dehydrogenase acts on serine, L-allo-threonine, and other 3-hydroxy acids  36.47 
 
 
269 aa  144  2e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
252 aa  142  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0197  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.1 
 
 
254 aa  142  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  37.7 
 
 
253 aa  141  1e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.42595e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4914  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.59 
 
 
254 aa  140  2e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
254 aa  140  2e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  2.61149e-11  unclonable  5.03217e-10 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
249 aa  140  2e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
255 aa  140  2e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.55421e-10  hitchhiker  1.59857e-12 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>