More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3740 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 752 aa  1503    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  49.6 
 
 		 759 aa  650    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  51.49 
 
 		 717 aa  652    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  48.87 
 
 		 737 aa  677    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  41.97 
 
 		 821 aa  520  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  35.04 
 
 		 696 aa  346  1e-93  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  34.05 
 
 		 699 aa  328  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.61 
 
 		 737 aa  323  6e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  32.7 
 
 		 712 aa  315  9.999999999999999e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  34.31 
 
 		 714 aa  313  6.999999999999999e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 		 705 aa  307  5.0000000000000004e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  32.17 
 
 		 703 aa  306  7e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  32.17 
 
 		 703 aa  306  7e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 		 708 aa  295  2e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  31.13 
 
 		 704 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  31.13 
 
 		 704 aa  290  7e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.13 
 
 		 704 aa  290  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  36.45 
 
 		 659 aa  281  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  30.59 
 
 		 705 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  33.11 
 
 		 706 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  31.16 
 
 		 690 aa  267  5.999999999999999e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  31.81 
 
 		 696 aa  264  4e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  30.65 
 
 		 716 aa  257  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  34.28 
 
 		 603 aa  247  4e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  32.78 
 
 		 711 aa  244  6e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  31.54 
 
 		 685 aa  242  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  31.5 
 
 		 687 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  31.8 
 
 		 662 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  29.12 
 
 		 673 aa  216  9e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  33.13 
 
 		 679 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  28.69 
 
 		 683 aa  201  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  30.64 
 
 		 734 aa  163  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.74 
 
 		 700 aa  139  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  29.37 
 
 		 712 aa  133  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.98 
 
 		 1107 aa  132  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  30.8 
 
 		 809 aa  126  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  26.31 
 
 		 697 aa  123  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  27.91 
 
 		 695 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  25.42 
 
 		 710 aa  114  9e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.88 
 
 		 815 aa  111  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  22.75 
 
 		 819 aa  111  6e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  25.24 
 
 		 695 aa  104  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  30.57 
 
 		 619 aa  101  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  27.97 
 
 		 663 aa  99.8  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  31.5 
 
 		 601 aa  88.2  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  30.92 
 
 		 615 aa  85.5  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  28.8 
 
 		 593 aa  84.3  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  24.46 
 
 		 671 aa  82  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 		 508 aa  80.9  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  25.58 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  25.35 
 
 		 564 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  29.01 
 
 		 619 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  28.96 
 
 		 612 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  25.19 
 
 		 613 aa  74.3  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  29.02 
 
 		 625 aa  73.9  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  29.84 
 
 		 610 aa  73.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  27.63 
 
 		 702 aa  72.8  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  23.86 
 
 		 616 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  25.24 
 
 		 515 aa  68.9  0.0000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  22.08 
 
 		 723 aa  67  0.000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.72 
 
 		 607 aa  65.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  22.95 
 
 		 714 aa  65.5  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  20.51 
 
 		 659 aa  65.1  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  40.7 
 
 		 465 aa  63.9  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  28.23 
 
 		 715 aa  63.5  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  24.75 
 
 		 786 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  26.25 
 
 		 630 aa  63.5  0.00000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  26.79 
 
 		 726 aa  63.9  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  26.12 
 
 		 727 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  29.72 
 
 		 702 aa  62.8  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.32 
 
 		 787 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  24.51 
 
 		 787 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  24.32 
 
 		 787 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  24.32 
 
 		 787 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  23.79 
 
 		 708 aa  62.4  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 		 706 aa  62.8  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 		 686 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 1016 aa  62.4  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  24.51 
 
 		 840 aa  62  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 786 aa  62  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  24.32 
 
 		 846 aa  62  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 714 aa  62  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 707 aa  62  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  24.88 
 
 		 787 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.62 
 
 		 694 aa  61.6  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.94 
 
 		 814 aa  61.6  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  24.88 
 
 		 787 aa  61.6  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  26.87 
 
 		 607 aa  61.6  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  24.88 
 
 		 787 aa  61.6  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  24.41 
 
 		 616 aa  61.2  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  24.88 
 
 		 787 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  24.88 
 
 		 787 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 786 aa  60.8  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  24.88 
 
 		 787 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  24.88 
 
 		 787 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1135  hypothetical protein  24.81 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0285416  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  60.8  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  26.34 
 
 		 829 aa  60.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  25.74 
 
 		 727 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  24.82 
 
 		 783 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>