More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3544 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
258 aa  503  1e-141  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  44.08 
 
 
237 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1975  tetracyclin repressor-like  47.66 
 
 
111 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 
247 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  29.22 
 
 
268 aa  87.8  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
272 aa  83.2  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
269 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  30.04 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  35.22 
 
 
268 aa  82.4  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 
255 aa  82  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
271 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 
240 aa  79  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  29.63 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 
218 aa  77.4  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 
272 aa  76.3  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 
211 aa  76.3  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
216 aa  75.5  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  30.4 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 
218 aa  73.9  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 
221 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
242 aa  73.6  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 
218 aa  72.4  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 
263 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 
247 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 
253 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 
210 aa  70.1  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  29.83 
 
 
256 aa  70.1  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 
228 aa  69.7  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 
224 aa  69.3  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 
223 aa  68.6  0.00000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 
234 aa  68.6  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 
229 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 
223 aa  68.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  30.7 
 
 
214 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 
259 aa  68.2  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
230 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 
246 aa  68.6  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  30.77 
 
 
222 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 
283 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
227 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 
218 aa  67.8  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 
230 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 
246 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
244 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 
234 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6279  transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.993212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  26.64 
 
 
218 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2177  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
193 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.191251  normal  0.46056 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 
228 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
285 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5853  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
258 aa  64.7  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.389129  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 
222 aa  63.9  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
278 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 
266 aa  63.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 
265 aa  63.2  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  26.03 
 
 
224 aa  63.5  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1574  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 
258 aa  63.2  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  31.61 
 
 
227 aa  63.2  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 
304 aa  62.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
190 aa  62.4  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0837  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 
238 aa  62.8  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.895795  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  28.8 
 
 
247 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 
245 aa  62.4  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 
250 aa  62.4  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04290  transcriptional regulator  28.21 
 
 
230 aa  62  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0356089  normal  0.115644 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 
212 aa  62  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  28.02 
 
 
256 aa  61.6  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3273  Tetracyclin repressor domain protein  30.77 
 
 
213 aa  61.6  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120229  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
226 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19920  transcriptional regulator, tetR family  33.33 
 
 
207 aa  61.2  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314765  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26640  transcriptional regulator, tetR family  33.55 
 
 
215 aa  61.2  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.062936  normal  0.0737104 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
210 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 
249 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 
238 aa  61.2  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  28.1 
 
 
266 aa  60.1  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 
229 aa  60.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
190 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
235 aa  60.5  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
257 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  26.82 
 
 
226 aa  60.1  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 
215 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  34.88 
 
 
228 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
206 aa  59.7  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
199 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 
249 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
211 aa  59.7  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
185 aa  59.7  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
244 aa  59.7  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 
239 aa  59.3  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 
213 aa  59.3  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
250 aa  59.3  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>