204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3106 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  100 
 
 		 618 aa  1197    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  37.08 
 
 		 538 aa  312  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  37.48 
 
 		 537 aa  310  6.999999999999999e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  37.61 
 
 		 520 aa  292  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  33.62 
 
 		 585 aa  236  9e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.96 
 
 		 601 aa  209  1e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 553 aa  188  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  46.86 
 
 		 609 aa  181  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  39.93 
 
 		 438 aa  179  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  22.91 
 
 		 555 aa  141  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0676  hypothetical protein  57.14 
 
 		 170 aa  114  8.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.60111  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 558 aa  109  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 403 aa  95.9  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  24.49 
 
 		 406 aa  93.2  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 410 aa  92.4  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 410 aa  92.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  30.94 
 
 		 410 aa  92.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 410 aa  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  30.94 
 
 		 410 aa  92  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  30.94 
 
 		 410 aa  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  30.58 
 
 		 410 aa  91.7  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.03 
 
 		 525 aa  91.3  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  22.75 
 
 		 413 aa  87.8  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  28.72 
 
 		 562 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  23.23 
 
 		 739 aa  80.9  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  30.03 
 
 		 525 aa  80.5  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 659 aa  79.3  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  24.15 
 
 		 407 aa  75.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  33.1 
 
 		 425 aa  76.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 405 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  23.66 
 
 		 408 aa  75.1  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  30.23 
 
 		 389 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 405 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  34.11 
 
 		 741 aa  73.2  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  23.55 
 
 		 518 aa  72  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  21.32 
 
 		 740 aa  72  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  27.19 
 
 		 645 aa  71.2  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  18.75 
 
 		 562 aa  70.9  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  33.88 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  27.06 
 
 		 547 aa  71.2  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 564 aa  70.5  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 477 aa  69.3  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  26.45 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  26.17 
 
 		 379 aa  67  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  27.46 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  29.23 
 
 		 405 aa  65.5  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  26.21 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  28.86 
 
 		 537 aa  64.3  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  23.4 
 
 		 409 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 361 aa  63.2  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  25 
 
 		 597 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  27.24 
 
 		 514 aa  62.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  30.47 
 
 		 492 aa  61.6  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  29.35 
 
 		 647 aa  61.2  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  28.91 
 
 		 542 aa  61.2  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  25.98 
 
 		 537 aa  61.2  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  28.51 
 
 		 398 aa  60.1  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  30.88 
 
 		 436 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  22.59 
 
 		 520 aa  60.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  22.38 
 
 		 404 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2063  transcriptional regulator, PucR family  34.93 
 
 		 561 aa  58.9  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20553  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  27.54 
 
 		 493 aa  59.3  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  26.48 
 
 		 554 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  29.56 
 
 		 404 aa  59.7  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  27.48 
 
 		 553 aa  58.9  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  31.36 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 518 aa  58.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4625  CdaR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 535 aa  58.5  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  38.89 
 
 		 543 aa  58.5  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  34.71 
 
 		 416 aa  58.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 552 aa  57.8  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 532 aa  57.4  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  34.58 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  32 
 
 		 558 aa  57.4  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  25.33 
 
 		 362 aa  57  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 410 aa  56.6  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 494 aa  56.2  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 563 aa  56.2  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  27.97 
 
 		 705 aa  55.8  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  27.86 
 
 		 415 aa  56.2  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  29.61 
 
 		 407 aa  55.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  27.62 
 
 		 515 aa  55.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 552 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  29.5 
 
 		 388 aa  55.8  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7095  transcriptional regulator, CdaR  30.49 
 
 		 575 aa  55.1  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.680136  normal  0.108569 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1003  PucR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 516 aa  54.7  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.481265  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1876  putative transcriptional regulator, PucR family  34.4 
 
 		 487 aa  54.3  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03650  hypothetical protein  27.92 
 
 		 435 aa  54.7  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  37.08 
 
 		 486 aa  53.9  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  26.69 
 
 		 505 aa  54.3  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  28.8 
 
 		 380 aa  53.5  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 305 aa  53.9  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3963  putative transcriptional regulator, PucR family  34.95 
 
 		 429 aa  53.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  26.46 
 
 		 631 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  46.48 
 
 		 525 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0407  transcriptional regulator, CdaR  28.06 
 
 		 520 aa  52.8  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3483  transcriptional regulator, PucR family  29.89 
 
 		 543 aa  52.8  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0571772 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>