More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3053 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009077  Mjls_3242  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  66.3 
 
 
819 aa  1068    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.838736  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  68.55 
 
 
870 aa  1124    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0740855  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0397  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  68.73 
 
 
834 aa  1118    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.17666  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1114  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.81 
 
 
812 aa  642    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2309  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  46.45 
 
 
818 aa  657    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1781  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  44.36 
 
 
823 aa  639    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1392  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  62.07 
 
 
839 aa  1006    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.79174  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3053  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  100 
 
 
827 aa  1661    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.050716  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3774  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  58.22 
 
 
813 aa  971    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.541337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2968  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  46.31 
 
 
831 aa  657    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3276  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  44.89 
 
 
810 aa  645    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464677  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2849  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.31 
 
 
820 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3013  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  66.5 
 
 
823 aa  1062    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.190459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3525  assimilatory nitrite reductase large subunit  45.06 
 
 
816 aa  648    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3231  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  66.42 
 
 
819 aa  1070    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2096  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  45.18 
 
 
818 aa  638    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1700  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  46.67 
 
 
811 aa  661    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.575793 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0208  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.45 
 
 
801 aa  636    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41530  assimilatory nitrite reductase large subunit  45.3 
 
 
816 aa  652    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3275  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  67.84 
 
 
846 aa  1131    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0668  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.87 
 
 
826 aa  658    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3528  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.31 
 
 
820 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2245  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  67.55 
 
 
837 aa  1150    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.131347  normal  0.240706 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2152  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  42.71 
 
 
801 aa  638    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.57135  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3293  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  66.42 
 
 
819 aa  1070    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.192884 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.91 
 
 
808 aa  671    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  66.79 
 
 
822 aa  1080    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742948  normal  0.535106 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2293  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  42.59 
 
 
801 aa  635  1e-180  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.203246  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0558  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.19 
 
 
814 aa  632  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23370  Assimilatory Nitrite reductase,large subunit; NasA  45.97 
 
 
816 aa  632  1e-180  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2177  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  42.46 
 
 
801 aa  632  1e-180  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3162  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  42.59 
 
 
801 aa  630  1e-179  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00213461  normal  0.298002 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2919  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.07 
 
 
814 aa  630  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0592  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.9 
 
 
820 aa  629  1e-179  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1970  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  42.34 
 
 
801 aa  630  1e-179  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.473081  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3130  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.07 
 
 
814 aa  630  1e-179  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0741  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.19 
 
 
814 aa  630  1e-179  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2317  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  43.95 
 
 
819 aa  630  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.551763  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1990  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.21 
 
 
800 aa  630  1e-179  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1707  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  45.12 
 
 
839 aa  630  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.795127  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1667  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.12 
 
 
810 aa  630  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0751233  normal  0.158912 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1490  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.07 
 
 
814 aa  630  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0099  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.07 
 
 
814 aa  630  1e-179  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1990  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  42.44 
 
 
801 aa  625  1e-178  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1997  nitrite reductase  42.21 
 
 
801 aa  628  1e-178  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00110354  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1949  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  42.21 
 
 
801 aa  628  1e-178  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0412209  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0573  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  44.07 
 
 
814 aa  628  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2146  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  42.21 
 
 
801 aa  628  1e-178  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.243171  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2557  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  43.9 
 
 
823 aa  628  1e-178  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323031  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44 
 
 
821 aa  627  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5894  nitrite reductase large subunit  43.45 
 
 
815 aa  625  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1266  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  45.38 
 
 
825 aa  624  1e-177  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0963412  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1000  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.44 
 
 
816 aa  624  1e-177  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0464  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  43.83 
 
 
814 aa  619  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2839  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  44.36 
 
 
821 aa  616  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.184658 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2107  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  44.08 
 
 
823 aa  617  1e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160475  normal  0.614083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.24 
 
 
821 aa  614  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0816  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  44.09 
 
 
814 aa  614  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.359061  normal  0.0137371 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2472  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  41.03 
 
 
801 aa  605  1.0000000000000001e-171  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.971864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1407  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.95 
 
 
815 aa  604  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2424  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  41.03 
 
 
801 aa  605  1.0000000000000001e-171  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2965  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  44.61 
 
 
817 aa  605  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2956  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.42 
 
 
818 aa  602  1.0000000000000001e-171  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1142  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.54 
 
 
825 aa  600  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.861226  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4525  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.57 
 
 
820 aa  597  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927735  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2593  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.77 
 
 
825 aa  593  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  0.140435 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3043  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  43 
 
 
811 aa  595  1e-168  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.301958  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.27 
 
 
810 aa  593  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1080  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.36 
 
 
814 aa  590  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.406718  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1629  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.57 
 
 
816 aa  589  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.899619  normal  0.106789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.45 
 
 
816 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116537  normal  0.910407 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0719  BFD-like (2Fe-2S)-binding region  43.88 
 
 
820 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.825422  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.71 
 
 
814 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4860  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  39.95 
 
 
853 aa  529  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4164  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.15 
 
 
851 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0178  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.34 
 
 
844 aa  522  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4276  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.15 
 
 
851 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160671  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5659  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.54 
 
 
854 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.150409  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4818  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H-binding) large subunit precursor  39.49 
 
 
853 aa  511  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05591  nitrate reductase  36.82 
 
 
839 aa  510  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1222  nitrite reductase NADPH large subunit  39.93 
 
 
852 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.356268  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1544  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.7 
 
 
1396 aa  505  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.673057  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2730  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.58 
 
 
1396 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0172  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.08 
 
 
837 aa  503  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4260  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  41.48 
 
 
837 aa  504  1e-141  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00961758  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.15 
 
 
1373 aa  504  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.204618  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1983  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.96 
 
 
846 aa  502  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.385914  normal  0.488023 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2214  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.98 
 
 
862 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0126186 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  37.62 
 
 
971 aa  497  1e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2322  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor / assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit / assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  38.57 
 
 
1328 aa  498  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286672  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2906  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.79 
 
 
1381 aa  496  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2815  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.53 
 
 
852 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.487055  normal  0.890112 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  40.76 
 
 
837 aa  496  9.999999999999999e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.24 
 
 
850 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4046  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.52 
 
 
850 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2384  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.89 
 
 
830 aa  489  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312411  normal  0.440122 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0319  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.15 
 
 
854 aa  491  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1441  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.95 
 
 
1386 aa  490  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281756  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4147  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.29 
 
 
857 aa  491  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385776  normal  0.0888504 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.37 
 
 
848 aa  490  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>