More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2527 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2527  sugar transporter  100 
 
 
491 aa  953    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0802  sugar transporter  67.61 
 
 
496 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3209  sugar transporter  69.61 
 
 
492 aa  589  1e-167  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.331737 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3159  sugar transporter  69.61 
 
 
492 aa  589  1e-167  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.10565  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3147  sugar transporter  69.61 
 
 
492 aa  589  1e-167  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.060115  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3055  sugar transporter  67.43 
 
 
494 aa  584  1e-166  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.177873 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3472  sugar transporter  70.37 
 
 
490 aa  584  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2175  sugar transporter  65.27 
 
 
482 aa  554  1e-156  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.349166  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4483  sugar transporter  59.3 
 
 
474 aa  502  1e-141  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125142  normal  0.0950882 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2094  sugar transporter  59.3 
 
 
487 aa  486  1e-136  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0241306  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3869  sugar transporter  57.39 
 
 
485 aa  481  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.131713  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17570  MFS transporter, sugar porter family  55.56 
 
 
486 aa  476  1e-133  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.262232  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15770  MFS transporter, sugar porter family  57.45 
 
 
493 aa  476  1e-133  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00600  MFS transporter, sugar porter family  55.41 
 
 
499 aa  474  1e-132  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2820  sugar transporter  56.99 
 
 
544 aa  465  9.999999999999999e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0133634 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3493  sugar transporter  54.34 
 
 
486 aa  463  1e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3999  sugar transporter  54.7 
 
 
479 aa  447  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33610  MFS transporter, sugar porter family  54.29 
 
 
497 aa  443  1e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.300012  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19521  hypothetical protein  53.73 
 
 
480 aa  442  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1728  sugar transporter  50.65 
 
 
468 aa  441  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0944862  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0245  sugar transporter family protein  52.88 
 
 
478 aa  439  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.669235  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6750  major facilitator superfamily permease/glucose transporter  56.64 
 
 
469 aa  436  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3778  sugar transporter  53.66 
 
 
479 aa  437  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3163  sugar transporter  51.33 
 
 
468 aa  429  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.956524  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3340  sugar transporter  50.52 
 
 
504 aa  421  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1668  sugar transporter  55.41 
 
 
472 aa  419  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3727  sugar transporter  47.37 
 
 
466 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2109  sugar transporter  53.96 
 
 
475 aa  412  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1514  sugar transporter  50 
 
 
474 aa  413  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00665244  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4020  sugar transporter  48.44 
 
 
480 aa  409  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2634  host factor Hfq  47.52 
 
 
470 aa  402  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000323251  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0314  sugar transporter  53.66 
 
 
479 aa  397  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4271  D-xylose transporter XylE  38.48 
 
 
491 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5512  D-xylose transporter XylE  38.89 
 
 
491 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4582  D-xylose transporter XylE  38.89 
 
 
491 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3998  D-xylose transporter XylE  38.89 
 
 
491 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.688802  normal  0.586255 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03903  D-xylose transporter  38.89 
 
 
491 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3965  sugar transporter  38.89 
 
 
491 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03863  hypothetical protein  38.89 
 
 
491 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4418  D-xylose transporter XylE  38.98 
 
 
491 aa  306  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00317086 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2214  D-xylose transporter XylE  39.19 
 
 
468 aa  288  2e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  37.69 
 
 
442 aa  277  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4102  sugar transporter  38.16 
 
 
477 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4403  sugar transporter  37.63 
 
 
492 aa  273  4.0000000000000004e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.92249  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0757  sugar transporter  35.46 
 
 
448 aa  273  7e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0214435  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  37.69 
 
 
480 aa  270  5.9999999999999995e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7188  sugar transporter  39.12 
 
 
438 aa  269  8.999999999999999e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1578  sugar transporter  36.48 
 
 
466 aa  266  5e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3868  sugar transporter  37.53 
 
 
450 aa  263  4.999999999999999e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0368  sugar transporter  34.29 
 
 
448 aa  262  1e-68  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.968703  hitchhiker  0.00000305958 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3220  sugar transporter  38.9 
 
 
468 aa  261  2e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.681904 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4699  sugar transporter  31.57 
 
 
477 aa  259  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4664  sugar transporter  33.68 
 
 
475 aa  259  9e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0526  sugar transporter  37.17 
 
 
457 aa  257  3e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.637088  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4863  sugar transporter  35.51 
 
 
464 aa  257  4e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.83447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50070  myo-inositol transporter  33.55 
 
 
485 aa  256  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4230  sugar transporter  38.23 
 
 
467 aa  255  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1682  D-xylose proton-symporter  33.83 
 
 
458 aa  253  7e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000961132  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0128  D-xylose proton-symporter  33.69 
 
 
484 aa  244  3e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0489745  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1756  arabinose efflux permease  34.93 
 
 
516 aa  244  3e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2334  major facilitator superfamily protein  33.87 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1053  sugar transporter  36.24 
 
 
430 aa  241  2.9999999999999997e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.55252 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0710  sugar transporter  35.19 
 
 
476 aa  239  6.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.148606 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1160  sugar transporter  34.35 
 
 
468 aa  239  9e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0565582  hitchhiker  0.000112742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7518  sugar transporter  35.15 
 
 
507 aa  239  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0295  metabolite transport protein  32.77 
 
 
482 aa  239  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33690  sugar transporter  32.02 
 
 
480 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1599  sugar transporter  33.41 
 
 
444 aa  237  4e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3184  sugar transporter  33.93 
 
 
441 aa  236  9e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.137091  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2900  sugar transporter  34.56 
 
 
475 aa  234  4.0000000000000004e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.407104  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0183  sugar transporter  34.5 
 
 
474 aa  234  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.447711  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2754  sugar transporter  34.74 
 
 
497 aa  231  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3338  galactose-proton symporter  33.97 
 
 
464 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0071419  normal  0.395807 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3265  galactose-proton symporter  33.97 
 
 
464 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0111445  normal  0.101317 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3330  galactose-proton symporter  33.97 
 
 
464 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00323998  normal  0.618679 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3254  galactose-proton symporter  33.97 
 
 
464 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000516746  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3434  galactose-proton symporter  33.97 
 
 
464 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.444066  normal  0.014218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03799  MFS transporter  30.84 
 
 
524 aa  229  8e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1731  D-xylose-proton symporter  34.86 
 
 
463 aa  228  1e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0456  D-xylose-proton symporter  34.64 
 
 
463 aa  227  4e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0752  sugar transporter  33.76 
 
 
464 aa  226  8e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.718529  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3085  galactose-proton symporter  33.76 
 
 
464 aa  225  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0156709  hitchhiker  0.000187462 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0959  sugar transporter  33.62 
 
 
472 aa  225  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02773  D-galactose transporter  33.76 
 
 
464 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02736  hypothetical protein  33.76 
 
 
464 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3286  galactose-proton symporter  33.76 
 
 
464 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.583808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3375  galactose-proton symporter  33.76 
 
 
464 aa  225  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0771  sugar transporter  33.76 
 
 
464 aa  225  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00259481  hitchhiker  0.000457793 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3101  galactose-proton symporter  33.76 
 
 
464 aa  225  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4246  galactose-proton symporter  33.76 
 
 
464 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487781  normal  0.587718 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0479  sugar transporter  31.49 
 
 
471 aa  223  4.9999999999999996e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000749242  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0853  D-xylose proton-symporter  33.05 
 
 
459 aa  223  7e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4212  sugar transporter  32.31 
 
 
477 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3347  sugar transporter  33.26 
 
 
465 aa  221  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0767559  decreased coverage  0.00268397 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2102  sugar transporter  32.38 
 
 
457 aa  219  7.999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0478  D-xylose proton-symporter  29.23 
 
 
480 aa  218  2.9999999999999998e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36280  MFS transporter, sugar porter family  34 
 
 
468 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0654  major facilitator superfamily sugar transporter  33.84 
 
 
443 aa  216  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.866655  normal  0.707022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0827  sugar transporter  31.36 
 
 
450 aa  216  9e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8679  sugar transporter  33.04 
 
 
533 aa  216  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.546222  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>