More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2344 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  100 
 
 		 510 aa  983    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  65.3 
 
 		 539 aa  603  1.0000000000000001e-171  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  65.69 
 
 		 537 aa  539  9.999999999999999e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  60.59 
 
 		 506 aa  533  1e-150  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  53.12 
 
 		 507 aa  464  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  54.08 
 
 		 522 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  53 
 
 		 534 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  52.9 
 
 		 511 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  50.68 
 
 		 508 aa  446  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  52.03 
 
 		 513 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  52.95 
 
 		 520 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  52.95 
 
 		 520 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  54.84 
 
 		 512 aa  440  9.999999999999999e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  52.95 
 
 		 520 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  52.93 
 
 		 509 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  53.12 
 
 		 527 aa  437  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  52.22 
 
 		 513 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  55.01 
 
 		 503 aa  433  1e-120  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  54.97 
 
 		 509 aa  431  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  54 
 
 		 507 aa  425  1e-117  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  56.01 
 
 		 592 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  51.26 
 
 		 513 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  50.29 
 
 		 517 aa  388  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  51.26 
 
 		 519 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  36.18 
 
 		 567 aa  286  4e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  35.38 
 
 		 568 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  40.89 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39 
 
 		 552 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.07 
 
 		 531 aa  268  1e-70  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  40.44 
 
 		 610 aa  267  4e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  40.26 
 
 		 592 aa  265  2e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.17 
 
 		 556 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  45.68 
 
 		 442 aa  233  4.0000000000000004e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.73 
 
 		 562 aa  229  7e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.76 
 
 		 594 aa  227  5.0000000000000005e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  40.5 
 
 		 548 aa  225  1e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.17 
 
 		 550 aa  216  9.999999999999999e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  32.65 
 
 		 546 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.88 
 
 		 576 aa  213  5.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.65 
 
 		 573 aa  212  1e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.39 
 
 		 573 aa  210  5e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.97 
 
 		 547 aa  209  8e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.65 
 
 		 573 aa  208  2e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.81 
 
 		 573 aa  206  6e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.21 
 
 		 601 aa  206  1e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 		 598 aa  196  6e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.05 
 
 		 1017 aa  190  5.999999999999999e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  29.39 
 
 		 603 aa  189  1e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  29.78 
 
 		 584 aa  189  1e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 584 aa  189  1e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  30.42 
 
 		 584 aa  181  2e-44  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.08 
 
 		 582 aa  177  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.72 
 
 		 588 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  28.92 
 
 		 583 aa  171  3e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  27.52 
 
 		 549 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  30.21 
 
 		 601 aa  164  3e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.02 
 
 		 590 aa  163  9e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  29.82 
 
 		 803 aa  161  2e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.68 
 
 		 583 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  29.03 
 
 		 584 aa  155  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  28.31 
 
 		 719 aa  148  2.0000000000000003e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  31.19 
 
 		 530 aa  146  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  31.87 
 
 		 533 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 		 533 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  26.84 
 
 		 816 aa  137  7.000000000000001e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  31.35 
 
 		 552 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  32.42 
 
 		 550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  28.32 
 
 		 535 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 544 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  29.9 
 
 		 532 aa  130  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  27.31 
 
 		 932 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  31.85 
 
 		 572 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  28.67 
 
 		 530 aa  128  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  31.84 
 
 		 570 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  26.39 
 
 		 664 aa  127  5e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  31.75 
 
 		 514 aa  126  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  30.84 
 
 		 551 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  30.91 
 
 		 532 aa  125  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  28.7 
 
 		 538 aa  124  5e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  31.98 
 
 		 542 aa  124  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  30.86 
 
 		 551 aa  123  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  31.78 
 
 		 534 aa  123  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 522 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  31.1 
 
 		 535 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  29.62 
 
 		 551 aa  122  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  32.18 
 
 		 534 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  32.4 
 
 		 568 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  27.29 
 
 		 651 aa  118  3e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  33.05 
 
 		 648 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  30.52 
 
 		 558 aa  117  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  30.53 
 
 		 566 aa  117  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  28.6 
 
 		 532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  33.52 
 
 		 578 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  31.71 
 
 		 559 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  28.81 
 
 		 554 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  33.13 
 
 		 537 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  25.12 
 
 		 944 aa  114  3e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  30.44 
 
 		 558 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  25.35 
 
 		 545 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  31.47 
 
 		 613 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>