More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2120 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  100 
 
 
436 aa  845    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  46.97 
 
 
477 aa  332  1e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  57.14 
 
 
321 aa  317  2e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43.01 
 
 
495 aa  303  4.0000000000000003e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  43.04 
 
 
815 aa  287  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  40.76 
 
 
831 aa  280  4e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.51 
 
 
797 aa  265  1e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  38.14 
 
 
766 aa  262  8.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  37.83 
 
 
763 aa  261  3e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  38.07 
 
 
759 aa  256  5e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  38.05 
 
 
758 aa  256  7e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  38.05 
 
 
758 aa  256  7e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  38.05 
 
 
758 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  39.64 
 
 
816 aa  252  1e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  39.52 
 
 
852 aa  247  3e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  46.08 
 
 
376 aa  246  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  48.11 
 
 
316 aa  239  1e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  35.82 
 
 
847 aa  236  6e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.91 
 
 
778 aa  232  1e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  35.67 
 
 
828 aa  230  5e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  37.58 
 
 
845 aa  229  6e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  48.58 
 
 
313 aa  228  2e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  48.58 
 
 
312 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.75 
 
 
858 aa  209  1e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  40.75 
 
 
320 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  42.35 
 
 
358 aa  194  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  36.45 
 
 
316 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  41.03 
 
 
311 aa  188  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  35.96 
 
 
878 aa  187  3e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.06 
 
 
845 aa  184  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  41.72 
 
 
684 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.43 
 
 
822 aa  184  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  42.04 
 
 
658 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  41.08 
 
 
656 aa  183  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  37.58 
 
 
863 aa  183  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  27.9 
 
 
855 aa  183  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  39.94 
 
 
871 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  38.75 
 
 
851 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.25 
 
 
882 aa  181  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.1 
 
 
902 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  29.18 
 
 
877 aa  179  7e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  42.99 
 
 
847 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.71 
 
 
311 aa  177  2e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.38 
 
 
534 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  39.43 
 
 
351 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  37.58 
 
 
867 aa  177  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.75 
 
 
861 aa  177  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.12 
 
 
896 aa  177  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.76 
 
 
683 aa  177  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  36.84 
 
 
911 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  39.24 
 
 
837 aa  177  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  30.17 
 
 
813 aa  176  6e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  39.63 
 
 
872 aa  176  9e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.47 
 
 
608 aa  176  9e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  40.26 
 
 
930 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.3 
 
 
603 aa  175  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  36.96 
 
 
646 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  37.19 
 
 
847 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.44 
 
 
343 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.29 
 
 
644 aa  172  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  38.8 
 
 
834 aa  172  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  37.42 
 
 
343 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  37.62 
 
 
913 aa  170  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  37.5 
 
 
866 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  42.32 
 
 
896 aa  170  6e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  41.23 
 
 
856 aa  169  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  40.26 
 
 
328 aa  170  6e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  38.76 
 
 
901 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.09 
 
 
882 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  39.16 
 
 
939 aa  168  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  31.27 
 
 
871 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  36.86 
 
 
658 aa  167  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  37.12 
 
 
914 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  39.63 
 
 
651 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  30.24 
 
 
818 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.75 
 
 
846 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.68 
 
 
866 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  36.48 
 
 
895 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  37.9 
 
 
833 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  37.22 
 
 
881 aa  163  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  36.88 
 
 
883 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  37.35 
 
 
954 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  35.19 
 
 
886 aa  161  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.6 
 
 
350 aa  160  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  39.06 
 
 
843 aa  159  9e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  36.65 
 
 
918 aa  159  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  37.58 
 
 
847 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  39.23 
 
 
329 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  38.36 
 
 
865 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  39.23 
 
 
329 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  38.89 
 
 
837 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  36.08 
 
 
893 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  36.96 
 
 
940 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.93 
 
 
833 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.6 
 
 
354 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  30.84 
 
 
832 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.96 
 
 
840 aa  156  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  37.22 
 
 
914 aa  156  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  34.28 
 
 
853 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.47 
 
 
848 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>