203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1945 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 355 aa  720    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  73.18 
 
 		 354 aa  504  9.999999999999999e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  65.8 
 
 		 371 aa  456  1e-127  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  63.66 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  64.29 
 
 		 323 aa  427  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  65.58 
 
 		 360 aa  420  1e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  58.58 
 
 		 341 aa  396  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  59.17 
 
 		 341 aa  394  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  55.94 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  54.94 
 
 		 339 aa  385  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  57.48 
 
 		 332 aa  387  1e-106  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  58.96 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.77 
 
 		 330 aa  383  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.8 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  53.98 
 
 		 360 aa  350  2e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  54.55 
 
 		 341 aa  350  2e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  55.31 
 
 		 360 aa  345  7e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  53.37 
 
 		 346 aa  341  1e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  52.98 
 
 		 364 aa  336  2.9999999999999997e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  52.19 
 
 		 349 aa  335  9e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  51.9 
 
 		 349 aa  333  2e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  51.29 
 
 		 347 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  51.29 
 
 		 347 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  51.29 
 
 		 347 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  47.59 
 
 		 380 aa  324  1e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.66 
 
 		 340 aa  324  2e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  46.44 
 
 		 340 aa  318  7.999999999999999e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  47.73 
 
 		 427 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.91 
 
 		 328 aa  315  9e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.47 
 
 		 314 aa  305  7e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48 
 
 		 329 aa  299  5e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.48 
 
 		 334 aa  295  6e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.75 
 
 		 352 aa  290  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  44.75 
 
 		 353 aa  289  5.0000000000000004e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  46.82 
 
 		 414 aa  287  2e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  45.3 
 
 		 358 aa  286  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  45.59 
 
 		 326 aa  278  9e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.09 
 
 		 414 aa  272  8.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  45.1 
 
 		 412 aa  268  8.999999999999999e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  44.2 
 
 		 408 aa  266  4e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  43.65 
 
 		 412 aa  264  2e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  41.74 
 
 		 434 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  41.85 
 
 		 434 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  41.85 
 
 		 434 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  41.69 
 
 		 397 aa  251  1e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  36.45 
 
 		 312 aa  202  5e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  33.75 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  31.4 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  36.09 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.1 
 
 		 861 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  32.42 
 
 		 303 aa  180  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.03 
 
 		 896 aa  179  8e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.82 
 
 		 646 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  29.31 
 
 		 313 aa  169  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.34 
 
 		 855 aa  165  9e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.72 
 
 		 877 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.42 
 
 		 306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.45 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  33.69 
 
 		 847 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  29.02 
 
 		 902 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.77 
 
 		 778 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.75 
 
 		 544 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.94 
 
 		 797 aa  151  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.36 
 
 		 837 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  29.39 
 
 		 871 aa  149  8e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  30.94 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  29.71 
 
 		 872 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  34.47 
 
 		 868 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  30.97 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  34.09 
 
 		 868 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  35.77 
 
 		 932 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.21 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  32.3 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  35.77 
 
 		 949 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.07 
 
 		 865 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  33.11 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  31.65 
 
 		 527 aa  142  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.94 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.62 
 
 		 815 aa  141  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  33.46 
 
 		 846 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.11 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  33.82 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.6 
 
 		 815 aa  140  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  34.24 
 
 		 1001 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.82 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  34.88 
 
 		 927 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  33.07 
 
 		 940 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  32.3 
 
 		 954 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 		 864 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  28.81 
 
 		 866 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  33.85 
 
 		 927 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  33.85 
 
 		 936 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  35 
 
 		 1157 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.7 
 
 		 813 aa  138  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4039  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.03 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437287  normal  0.0570226 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 		 980 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  33.85 
 
 		 936 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  28.71 
 
 		 851 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.73 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  29.55 
 
 		 763 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>