205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1168 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
482 aa  955    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.08 
 
 
463 aa  428  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.08 
 
 
463 aa  428  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  56.4 
 
 
463 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.85 
 
 
518 aa  409  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.25 
 
 
483 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  49.44 
 
 
463 aa  376  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.96 
 
 
467 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  51.55 
 
 
462 aa  370  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.63 
 
 
473 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  50.44 
 
 
455 aa  364  2e-99  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.22 
 
 
480 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.96 
 
 
471 aa  362  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.39 
 
 
529 aa  357  2.9999999999999997e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.21 
 
 
474 aa  356  5e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.86 
 
 
450 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.09 
 
 
450 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.09 
 
 
450 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.09 
 
 
450 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.09 
 
 
450 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.09 
 
 
450 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.61 
 
 
451 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.94 
 
 
450 aa  286  5.999999999999999e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  43.63 
 
 
450 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.56 
 
 
450 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.6 
 
 
517 aa  254  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.59 
 
 
474 aa  251  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.16 
 
 
471 aa  233  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.55 
 
 
466 aa  229  6e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.19 
 
 
466 aa  216  9e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.71 
 
 
460 aa  204  3e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.87 
 
 
459 aa  197  4.0000000000000005e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.37 
 
 
483 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  32.31 
 
 
502 aa  190  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 
529 aa  189  9e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.4 
 
 
486 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.96 
 
 
465 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.02 
 
 
464 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.55 
 
 
491 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.87 
 
 
486 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.78 
 
 
466 aa  180  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.52 
 
 
510 aa  176  8e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.44 
 
 
492 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.07 
 
 
486 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.13 
 
 
467 aa  175  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.25 
 
 
484 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.82 
 
 
517 aa  174  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.17 
 
 
480 aa  170  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.8 
 
 
497 aa  169  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.56 
 
 
486 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.53 
 
 
470 aa  163  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.64 
 
 
489 aa  160  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.91 
 
 
477 aa  160  6e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.97 
 
 
480 aa  159  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.13 
 
 
479 aa  158  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.19 
 
 
479 aa  155  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.02 
 
 
474 aa  152  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.27 
 
 
474 aa  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.22 
 
 
470 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.28 
 
 
484 aa  150  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.22 
 
 
478 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.13 
 
 
579 aa  149  9e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.31 
 
 
470 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.38 
 
 
476 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
527 aa  147  6e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.81 
 
 
475 aa  145  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.79 
 
 
503 aa  145  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.67 
 
 
470 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.12 
 
 
496 aa  144  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.31 
 
 
484 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.2 
 
 
530 aa  144  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.75 
 
 
492 aa  144  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.31 
 
 
484 aa  143  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.31 
 
 
484 aa  143  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.7 
 
 
471 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.25 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.6 
 
 
458 aa  140  3e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  28 
 
 
508 aa  137  4e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.79 
 
 
484 aa  136  8e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.94 
 
 
486 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.94 
 
 
486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.06 
 
 
464 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.74 
 
 
478 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.17 
 
 
470 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.22 
 
 
507 aa  133  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.97 
 
 
515 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.73 
 
 
515 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.25 
 
 
522 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.73 
 
 
515 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.09 
 
 
515 aa  130  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  30.46 
 
 
577 aa  130  7.000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.54 
 
 
476 aa  130  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.35 
 
 
474 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  29.4 
 
 
442 aa  129  9.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.78 
 
 
490 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.17 
 
 
479 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  25.46 
 
 
471 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  25.23 
 
 
471 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.23 
 
 
471 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.28 
 
 
492 aa  125  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>