More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0655 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 
319 aa  624  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  62.65 
 
 
326 aa  348  1e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  60 
 
 
321 aa  342  5e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.57 
 
 
316 aa  342  5.999999999999999e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  57.68 
 
 
314 aa  342  5.999999999999999e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.18 
 
 
321 aa  340  2e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  59.46 
 
 
312 aa  331  9e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  58.75 
 
 
314 aa  331  1e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  57.19 
 
 
314 aa  330  3e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  60.94 
 
 
314 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  60.94 
 
 
314 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  60.94 
 
 
314 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.28 
 
 
324 aa  326  3e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  52.76 
 
 
322 aa  322  7e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  57.83 
 
 
322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.83 
 
 
326 aa  319  5e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.19 
 
 
333 aa  318  1e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  52.13 
 
 
323 aa  316  3e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.61 
 
 
327 aa  315  9e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  52.41 
 
 
386 aa  313  1.9999999999999998e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.75 
 
 
322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50 
 
 
329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  50 
 
 
328 aa  306  3e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  48.79 
 
 
372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  52.27 
 
 
363 aa  301  7.000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  53.1 
 
 
339 aa  301  1e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  48.13 
 
 
373 aa  300  3e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  52.92 
 
 
339 aa  296  3e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.98 
 
 
339 aa  294  1e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.69 
 
 
324 aa  294  2e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.02 
 
 
320 aa  290  2e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  51.26 
 
 
324 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  48.74 
 
 
320 aa  280  2e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  56.92 
 
 
306 aa  276  3e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  51.83 
 
 
329 aa  270  2e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.46 
 
 
331 aa  261  1e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  44.95 
 
 
330 aa  260  2e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  47.92 
 
 
250 aa  203  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.12 
 
 
542 aa  192  5e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.39 
 
 
349 aa  188  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.24 
 
 
336 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.5 
 
 
315 aa  185  7e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  41.06 
 
 
243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.07 
 
 
310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  41.22 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  44.9 
 
 
245 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.37 
 
 
245 aa  182  6e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  36.84 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.84 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  36.84 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  36.84 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  36.84 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  36.84 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  38.46 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.84 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.14 
 
 
247 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.85 
 
 
652 aa  179  7e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.84 
 
 
247 aa  179  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  40.24 
 
 
251 aa  179  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.49 
 
 
327 aa  178  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.9 
 
 
292 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.9 
 
 
292 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.63 
 
 
334 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  31.25 
 
 
289 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.63 
 
 
249 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.84 
 
 
413 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.8 
 
 
335 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  37.25 
 
 
247 aa  177  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  43.44 
 
 
536 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  30.88 
 
 
289 aa  176  6e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.82 
 
 
248 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.86 
 
 
256 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.78 
 
 
246 aa  173  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.27 
 
 
256 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.37 
 
 
416 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  34.07 
 
 
277 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.75 
 
 
250 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.27 
 
 
256 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.01 
 
 
442 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  34.14 
 
 
247 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.59 
 
 
246 aa  170  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.52 
 
 
246 aa  170  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  42.13 
 
 
246 aa  169  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.86 
 
 
387 aa  168  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.28 
 
 
519 aa  168  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  37.96 
 
 
245 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.86 
 
 
246 aa  166  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3773  RNA methyltransferase  37.55 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.83 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  34.69 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.87 
 
 
261 aa  163  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40 
 
 
255 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.34 
 
 
239 aa  162  9e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.33 
 
 
246 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  38.62 
 
 
242 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  38.25 
 
 
248 aa  161  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  35.54 
 
 
244 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  35.34 
 
 
249 aa  159  5e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.57 
 
 
245 aa  159  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4787  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.98 
 
 
243 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.535347 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>