More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0479 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0479  recombination protein RecR  100 
 
 
199 aa  392  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0004265  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0044  recombination protein RecR  84.34 
 
 
199 aa  333  1e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.118922  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4814  recombination protein RecR  83.33 
 
 
199 aa  329  1e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0215  recombination protein RecR  79.19 
 
 
197 aa  326  1.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0254  recombination protein RecR  79.7 
 
 
197 aa  325  2.0000000000000001e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.136191  hitchhiker  0.0016505 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4871  recombination protein RecR  81.31 
 
 
199 aa  322  3e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0272  recombination protein RecR  81.03 
 
 
202 aa  321  4e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0549  recombination protein RecR  79.8 
 
 
199 aa  320  7e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.650198 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3124  recombination protein RecR  78.39 
 
 
199 aa  316  1e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0192329  hitchhiker  0.0000115295 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9313  recombination protein RecR  80.3 
 
 
199 aa  315  3e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.430471  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  77.89 
 
 
199 aa  315  3e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9027  recombination protein RecR  76.26 
 
 
199 aa  313  8e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  76.77 
 
 
199 aa  311  2.9999999999999996e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0465  recombination protein RecR  77.78 
 
 
199 aa  311  4.999999999999999e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.286719  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0415  recombination protein RecR  77.44 
 
 
199 aa  310  5.999999999999999e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.594093  normal  0.973959 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0268  recombination protein RecR  74.87 
 
 
199 aa  307  5.9999999999999995e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0319  recombination protein RecR  75.76 
 
 
199 aa  305  2.0000000000000002e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.697787  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25940  DNA replication and repair protein RecR  76.92 
 
 
204 aa  305  4.0000000000000004e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2015  recombination protein RecR  74.75 
 
 
199 aa  305  4.0000000000000004e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38119  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6148  recombination protein RecR  74.11 
 
 
199 aa  304  6e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6566  recombination protein RecR  73.37 
 
 
199 aa  303  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00960042  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0673  recombination protein RecR  74 
 
 
202 aa  301  5.000000000000001e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0554  recombination protein RecR  72.82 
 
 
199 aa  297  9e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.407032  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0693  recombination protein RecR  72.82 
 
 
199 aa  295  4e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28430  DNA replication and repair protein RecR  72.08 
 
 
197 aa  291  4e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  70.05 
 
 
199 aa  282  3.0000000000000004e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36550  recombination protein RecR  70.41 
 
 
198 aa  281  3.0000000000000004e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.278851  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0203  recombination protein RecR  69.7 
 
 
197 aa  278  4e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5271  recombination protein RecR  65 
 
 
203 aa  265  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.139044  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4903  recombination protein RecR  65 
 
 
203 aa  265  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.149021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4992  recombination protein RecR  65 
 
 
203 aa  265  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13747  recombination protein RecR  64 
 
 
203 aa  264  5e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.24685  normal  0.507184 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1288  recombination protein RecR  66 
 
 
203 aa  262  2e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.404677  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5527  recombination protein RecR  65 
 
 
203 aa  259  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02350  DNA replication and repair protein RecR  60.62 
 
 
198 aa  248  5e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000224797  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0127  recombination protein RecR  58.16 
 
 
202 aa  245  2e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1288  recombination protein RecR  60.82 
 
 
200 aa  245  3e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0605  recombination protein RecR  60.71 
 
 
198 aa  244  6e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.813504 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01600  DNA replication and repair protein RecR  58.59 
 
 
198 aa  244  9e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000053602 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0117  recombination protein RecR  59.59 
 
 
203 aa  242  1.9999999999999999e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000471102  normal  0.0497522 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4008  recombination protein RecR  59.9 
 
 
215 aa  241  7e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0437  recombination protein RecR  64 
 
 
203 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.348313  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2142  recombination protein RecR  52.28 
 
 
199 aa  232  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000288624  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0035  recombination protein RecR  52.55 
 
 
199 aa  232  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000323966  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0017  DNA replication and repair protein RecR  53.06 
 
 
199 aa  232  3e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  52.55 
 
 
198 aa  231  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0094  recombination protein RecR  54.08 
 
 
199 aa  231  6e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.427132  hitchhiker  0.00000395528 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0244  recombination protein RecR  53.06 
 
 
199 aa  231  6e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000716421  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20770  recombination protein RecR  53.57 
 
 
198 aa  229  1e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.21986e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0108  recombination protein RecR  55.67 
 
 
199 aa  228  3e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0029  DNA replication and repair protein RecR  54.31 
 
 
199 aa  227  9e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.157728  hitchhiker  0.00000915246 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3924  recombination protein RecR  56.25 
 
 
204 aa  226  1e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00096202  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  51.02 
 
 
198 aa  225  4e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  52.55 
 
 
198 aa  224  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  52.55 
 
 
198 aa  224  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0583  recombination protein RecR  53.09 
 
 
204 aa  223  1e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.395417  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_522  recombination protein  53.09 
 
 
204 aa  223  1e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0417916  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  52.04 
 
 
198 aa  223  2e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0510  DNA replication and repair protein RecR  58.16 
 
 
199 aa  221  4e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.186911  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3635  recombination protein RecR  55.03 
 
 
198 aa  220  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0682949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3776  recombination protein RecR  55.03 
 
 
198 aa  220  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0326868  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0054  recombination protein RecR  49.24 
 
 
198 aa  220  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0057  recombination protein RecR  49.24 
 
 
198 aa  220  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0025  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0022  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0557  recombination protein RecR  52.58 
 
 
204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3693  recombination protein RecR  55.03 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0021  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0021  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00242068  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0028  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212912  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0020  recombination protein RecR  51.02 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00591739  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0259  recombination protein RecR  52.88 
 
 
200 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5292  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000931615  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1144  recombination protein RecR  50.77 
 
 
201 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0987935  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0026  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000213644  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0020  recombination protein RecR  50 
 
 
198 aa  219  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.153698  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1513  recombination protein RecR  55.1 
 
 
222 aa  218  5e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0279848  normal  0.919824 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0044  recombination protein RecR  51.81 
 
 
200 aa  217  7e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0424851  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0023  recombination protein RecR  50 
 
 
198 aa  216  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0021  recombination protein RecR  50 
 
 
198 aa  216  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.134692  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1973  recombination protein RecR  51.85 
 
 
199 aa  216  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181253  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5291  recombination protein RecR  52.66 
 
 
212 aa  212  2.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4182  recombination protein RecR  49.5 
 
 
205 aa  211  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.406178  normal  0.562882 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0096  recombination protein RecR  53.57 
 
 
197 aa  210  9e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2610  recombination protein RecR  51.94 
 
 
215 aa  209  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0052  recombination protein RecR  52.55 
 
 
198 aa  209  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011836  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0386  recombination protein RecR  50.51 
 
 
198 aa  209  2e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.147094  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0033  recombination protein RecR  52.55 
 
 
198 aa  208  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00162242  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0297  recombination protein RecR  50.25 
 
 
199 aa  208  4e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6868  recombination protein RecR  51.03 
 
 
201 aa  206  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0048  recombination protein RecR  51.81 
 
 
198 aa  206  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2128  recombination protein RecR  53.06 
 
 
198 aa  206  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.505322  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1180  recombination protein RecR  47.98 
 
 
197 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1207  recombination protein RecR  47.98 
 
 
197 aa  205  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.262054  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3201  recombination protein RecR  54.17 
 
 
205 aa  205  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000136854  normal  0.489368 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0593  recombination protein RecR  46.46 
 
 
199 aa  205  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0210  recombination protein RecR  52.55 
 
 
197 aa  205  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00238733  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3760  recombination protein RecR  52.38 
 
 
198 aa  204  5e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1639  DNA replication and repair protein RecR  50.79 
 
 
219 aa  204  6e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4329  recombination protein RecR  50.26 
 
 
197 aa  203  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.63547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>