More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0266 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  100 
 
 
942 aa  1795    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0267  diguanylate cyclase  39.87 
 
 
550 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.92395  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6462  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  44.5 
 
 
260 aa  146  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.921073 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0169  circadian phase modifier CpmA  42.49 
 
 
228 aa  132  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.92 
 
 
609 aa  132  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  41.38 
 
 
565 aa  130  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.44 
 
 
532 aa  128  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  41.44 
 
 
532 aa  125  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
447 aa  124  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.57 
 
 
425 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.03 
 
 
487 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 
496 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0164  circadian phase modifier CpmA  42.86 
 
 
267 aa  123  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150253  normal  0.0723048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  39.8 
 
 
532 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  36.23 
 
 
516 aa  122  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  36.23 
 
 
516 aa  121  6e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  36.36 
 
 
456 aa  121  6e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 
772 aa  120  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
508 aa  120  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0602  diguanylate cyclase  32.82 
 
 
637 aa  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40 
 
 
560 aa  119  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.1 
 
 
1079 aa  119  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.99 
 
 
325 aa  119  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 
791 aa  119  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.24 
 
 
661 aa  118  6e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  36.84 
 
 
568 aa  118  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  37.04 
 
 
547 aa  117  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
545 aa  117  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1560  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  44.72 
 
 
236 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.536098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.66 
 
 
418 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
401 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.58 
 
 
457 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.02 
 
 
312 aa  115  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
720 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
526 aa  115  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  34.38 
 
 
460 aa  115  5e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.57 
 
 
784 aa  115  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 
728 aa  114  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
307 aa  114  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40 
 
 
357 aa  115  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  38.62 
 
 
323 aa  114  8.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
526 aa  114  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.06 
 
 
949 aa  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.05 
 
 
736 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  34.97 
 
 
514 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.86 
 
 
461 aa  114  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.86 
 
 
531 aa  114  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  41.5 
 
 
301 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  38.6 
 
 
365 aa  113  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.65 
 
 
455 aa  113  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  40.13 
 
 
470 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 
309 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 
324 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 
499 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  28.28 
 
 
528 aa  112  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.07 
 
 
319 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  43.68 
 
 
384 aa  112  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  33.99 
 
 
401 aa  112  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 
671 aa  111  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.41 
 
 
457 aa  111  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
385 aa  112  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.62 
 
 
415 aa  111  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
457 aa  112  5e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  38.12 
 
 
518 aa  111  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
555 aa  111  6e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  43.56 
 
 
457 aa  111  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  44.31 
 
 
433 aa  111  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
650 aa  111  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
569 aa  111  6e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  34.55 
 
 
659 aa  111  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001246  GGDEF family protein  35.43 
 
 
527 aa  111  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436694  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
381 aa  111  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  36.22 
 
 
402 aa  111  7.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  28.01 
 
 
546 aa  111  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  34.97 
 
 
530 aa  111  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  41.85 
 
 
563 aa  111  8.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  35.26 
 
 
427 aa  111  8.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.22 
 
 
710 aa  110  8.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0133  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
294 aa  111  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.469919 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
504 aa  110  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1809  phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit  36.27 
 
 
262 aa  110  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  38.85 
 
 
471 aa  110  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  37.8 
 
 
403 aa  110  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  39.02 
 
 
372 aa  110  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 
729 aa  110  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
373 aa  110  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36.32 
 
 
1037 aa  110  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
451 aa  110  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  37.85 
 
 
725 aa  110  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
744 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
744 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  34.72 
 
 
381 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.5 
 
 
718 aa  110  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.64 
 
 
353 aa  110  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.49 
 
 
457 aa  109  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 
393 aa  110  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37 
 
 
505 aa  109  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
744 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  40.96 
 
 
689 aa  109  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  40.36 
 
 
382 aa  109  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>