More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0119 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 337 aa  642    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  49.69 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  49.52 
 
 		 337 aa  280  3e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  51.46 
 
 		 318 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  40.36 
 
 		 369 aa  190  4e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  38.25 
 
 		 354 aa  184  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  39.58 
 
 		 369 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  38.53 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  37.83 
 
 		 366 aa  176  4e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  38.53 
 
 		 357 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  37.89 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  36.36 
 
 		 360 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  40.37 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  35.82 
 
 		 366 aa  169  6e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  38.62 
 
 		 365 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  34.63 
 
 		 358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  36.98 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 353 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  38.74 
 
 		 363 aa  162  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  37.76 
 
 		 358 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  39.27 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  39.42 
 
 		 358 aa  157  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  37.17 
 
 		 369 aa  155  8e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  36.59 
 
 		 390 aa  153  4e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  34.32 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  35.54 
 
 		 361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  34.53 
 
 		 374 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  37.03 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  31.87 
 
 		 408 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  35.03 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  33.86 
 
 		 374 aa  142  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  33.94 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 345 aa  139  8.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  34.19 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  36.26 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  33.01 
 
 		 353 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  33.01 
 
 		 353 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  33.75 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  36.09 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  36.89 
 
 		 341 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  36.74 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  36.42 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  33.75 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  33 
 
 		 871 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.82 
 
 		 822 aa  113  5e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  31.66 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  31.4 
 
 		 818 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  43.48 
 
 		 534 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  34.43 
 
 		 759 aa  107  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  31.19 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  31.51 
 
 		 608 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.23 
 
 		 902 aa  106  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  26.84 
 
 		 545 aa  106  7e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  29.84 
 
 		 351 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  35.06 
 
 		 684 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  30.09 
 
 		 813 aa  103  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  39.42 
 
 		 551 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  34.31 
 
 		 856 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  31.82 
 
 		 872 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.1 
 
 		 350 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  31.64 
 
 		 544 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 		 758 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.14 
 
 		 436 aa  99.8  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  27.87 
 
 		 877 aa  99.8  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  31.49 
 
 		 865 aa  99  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  34.67 
 
 		 358 aa  97.8  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28.62 
 
 		 316 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  34.11 
 
 		 758 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  34.11 
 
 		 758 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  34.41 
 
 		 313 aa  96.7  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  29.61 
 
 		 534 aa  96.3  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.66 
 
 		 1017 aa  95.9  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  30.12 
 
 		 658 aa  95.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  34.64 
 
 		 847 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.38 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  33.67 
 
 		 343 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  32.38 
 
 		 656 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  35.81 
 
 		 561 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  36.84 
 
 		 552 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  23.33 
 
 		 546 aa  94  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  34.2 
 
 		 658 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.6 
 
 		 354 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  26.76 
 
 		 546 aa  93.2  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  36.94 
 
 		 532 aa  93.2  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  23.27 
 
 		 546 aa  93.6  5e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.41 
 
 		 495 aa  93.2  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  27.15 
 
 		 855 aa  92.8  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.62 
 
 		 646 aa  92.8  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  29.18 
 
 		 861 aa  92.8  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  34.87 
 
 		 683 aa  92.4  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  37.1 
 
 		 566 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  37.98 
 
 		 559 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  29.51 
 
 		 603 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>