299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0041 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 75 bp  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0114  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.1228e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  92.42 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  92.42 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  92.42 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4260  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09084e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0033  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000894061  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0328  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000157113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0098  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000865732  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0090  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.925974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000746626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000102885  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0123  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00201303  hitchhiker  0.000458839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000220492  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>