More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0024 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0006  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.0000000000568844  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0024  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0070  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0070  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.734677  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0071  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957172  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0009  tRNA-Met  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000365135 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-2  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0970138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0014  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0018085  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0042  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0290864  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1598  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000050926  normal  0.567134 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2677  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0040  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.321259 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0046  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0060  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189075  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0026  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0305546  normal  0.617665 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1829  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5720  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0159176  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  96.1 
 
 
80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0772  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  96.1 
 
 
80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-5  tRNA-Met  96.1 
 
 
80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000520832  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0060  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80591  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-4  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0105  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0093247  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0070  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.770554  normal  0.621408 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1982  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2752  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2621  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-6  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00021362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1857  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2507  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0034  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0047  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.808514  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0052  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.491192  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0056  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.029437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0031  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0043  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0090  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419074  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  96.1 
 
 
79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  96.1 
 
 
79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1510  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.268798  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1813  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0046  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0060  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0019  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119121  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0046  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140483  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0044  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0058  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0068  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000612862  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3081  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0390  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1732  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2238  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869817  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0030  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.299355 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0054  tRNA-Met  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0068  tRNA-Met  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0078  tRNA-Met  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1572  tRNA-Met  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1607  tRNA-Met  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.836309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0026  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0027  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0920329  hitchhiker  0.000285559 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA11  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113777  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0019  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0021    94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.24709  hitchhiker  0.00028661 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0025  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000322634  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0046  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0056  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000407746  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0027  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0057  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492622  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0045  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0036  tRNA-Met  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465493  normal  0.444935 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0030  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00091315  normal  0.388606 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0041  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0831228  normal  0.361197 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1603  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0030  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0560  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0046  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150428  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0131  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.14207  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0082  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000739583  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0081  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000214937  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0057  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000630751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>