299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0017 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  97.3 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 75 bp  115  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  95.65 
 
 		 75 bp  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0114  tRNA-Gln  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.1228e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000001352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0151  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000916325  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0149  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000775027  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000722917  normal  0.446267 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000746626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000220492  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000102885  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000582426  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000167269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4260  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09084e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0328  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000157113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0033  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000894061  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0043  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000274188  normal  0.032981 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0829  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000799298  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>