278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0005 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  98.84 
 
 		 86 bp  163  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  98.84 
 
 		 85 bp  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  98.84 
 
 		 85 bp  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  98.84 
 
 		 85 bp  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 86 bp  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0060  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 87 bp  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 82 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0016  tRNA-Tyr  91.14 
 
 		 86 bp  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 83 bp  93.7  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 83 bp  93.7  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 83 bp  93.7  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 83 bp  93.7  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  88.75 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  88.75 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  88.75 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  88.75 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  88.75 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  88.75 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 82 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0018  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000576099  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>