234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3542 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 271 aa  551  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  65.07 
 
 		 278 aa  362  3e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  57.09 
 
 		 275 aa  312  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  50.55 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  50.55 
 
 		 283 aa  281  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  47.67 
 
 		 271 aa  246  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  44.98 
 
 		 272 aa  229  4e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  35.83 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  29.27 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  29.43 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  44.8 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  27.14 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  28.36 
 
 		 262 aa  105  9e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.99 
 
 		 256 aa  103  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  30.6 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  28.36 
 
 		 258 aa  101  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  27.4 
 
 		 267 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  25.77 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  29.46 
 
 		 265 aa  95.5  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  28.12 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  26.05 
 
 		 293 aa  94  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  26.95 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  28.51 
 
 		 259 aa  92.4  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  26.12 
 
 		 242 aa  92.4  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  26.03 
 
 		 267 aa  92  8e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  35.34 
 
 		 312 aa  92  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  26.05 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  28.32 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  23.68 
 
 		 318 aa  89.7  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  27.8 
 
 		 243 aa  89.7  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  38.52 
 
 		 343 aa  89.4  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 		 268 aa  88.6  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  33.9 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  36.92 
 
 		 232 aa  87.8  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  34.33 
 
 		 335 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  28.36 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  29.26 
 
 		 253 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  35.61 
 
 		 285 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  35.04 
 
 		 222 aa  85.5  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  28.7 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  29.03 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  35.56 
 
 		 377 aa  82  0.000000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  36.54 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  29.22 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.09 
 
 		 236 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  33.63 
 
 		 257 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  34.17 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  34.17 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  34.17 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  26.5 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  26.5 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  24.18 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 252 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  28.08 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  36.97 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  23.71 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  31.36 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  28.08 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  25.97 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  36.75 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  36.75 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 		 269 aa  73.9  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  28.66 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  25.84 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  30.06 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  29.57 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  27.49 
 
 		 270 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  29.23 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  25.69 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  25.23 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.03 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  28.11 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  27.97 
 
 		 272 aa  72  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 		 262 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  32.77 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 		 262 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  28.81 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1942  tol-pal system protein YbgF  27.4 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  32.32 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>