More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3540 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0025  tolB protein  72.9 
 
 		 432 aa  666    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 429 aa  877    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  68.15 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  61.59 
 
 		 407 aa  511  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  60.39 
 
 		 407 aa  503  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  58.35 
 
 		 435 aa  496  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  55.06 
 
 		 430 aa  487  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  43.36 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  44.57 
 
 		 445 aa  283  4.0000000000000003e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  38.28 
 
 		 457 aa  279  6e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2210  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  38.42 
 
 		 438 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000769838  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  36 
 
 		 440 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  42.11 
 
 		 450 aa  265  8e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.89 
 
 		 444 aa  257  3e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  35.35 
 
 		 449 aa  255  8e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  38.6 
 
 		 434 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  35.53 
 
 		 442 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  39.02 
 
 		 434 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  38.76 
 
 		 434 aa  252  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  33.49 
 
 		 444 aa  242  7.999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  32.4 
 
 		 425 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  33.41 
 
 		 440 aa  241  2e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  33.57 
 
 		 421 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  33.1 
 
 		 428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  32.54 
 
 		 426 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  32.26 
 
 		 440 aa  228  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  32.26 
 
 		 443 aa  228  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  33.5 
 
 		 438 aa  226  6e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  31.93 
 
 		 441 aa  226  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  36.6 
 
 		 437 aa  226  9e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  37.43 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  33.25 
 
 		 429 aa  224  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  32.4 
 
 		 441 aa  224  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257042  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  36.84 
 
 		 450 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  36.95 
 
 		 450 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  34.28 
 
 		 462 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  34.29 
 
 		 450 aa  219  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  32.28 
 
 		 436 aa  218  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  33.66 
 
 		 427 aa  218  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  36.66 
 
 		 449 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  35.85 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  37.13 
 
 		 449 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  32.35 
 
 		 446 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  36.73 
 
 		 446 aa  216  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  36.66 
 
 		 444 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.95 
 
 		 428 aa  215  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  30.85 
 
 		 421 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  31.67 
 
 		 439 aa  214  2.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  32.56 
 
 		 443 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  32.21 
 
 		 450 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  32.1 
 
 		 434 aa  213  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  31.94 
 
 		 432 aa  212  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  31.65 
 
 		 408 aa  212  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  34.21 
 
 		 443 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  34.3 
 
 		 435 aa  209  9e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  33.48 
 
 		 438 aa  208  1e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  31.74 
 
 		 441 aa  208  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  35.28 
 
 		 439 aa  208  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  32.39 
 
 		 441 aa  208  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  32.88 
 
 		 442 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  34.8 
 
 		 435 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  32.59 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  35.01 
 
 		 448 aa  207  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  30 
 
 		 436 aa  207  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  30.23 
 
 		 428 aa  207  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  34.8 
 
 		 435 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  30.86 
 
 		 437 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  31.12 
 
 		 434 aa  206  6e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  31.38 
 
 		 439 aa  206  6e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  34.71 
 
 		 435 aa  203  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  32.45 
 
 		 461 aa  203  4e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  30.35 
 
 		 443 aa  203  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  35.76 
 
 		 442 aa  203  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  34.6 
 
 		 451 aa  202  8e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.74 
 
 		 422 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  29.74 
 
 		 422 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  32.9 
 
 		 444 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  32.9 
 
 		 444 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  31.17 
 
 		 428 aa  202  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  30.12 
 
 		 443 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  32.73 
 
 		 444 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  31.85 
 
 		 403 aa  201  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  27.53 
 
 		 427 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  33.51 
 
 		 446 aa  199  6e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  30.72 
 
 		 432 aa  199  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  29.17 
 
 		 433 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  30.34 
 
 		 469 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  33.06 
 
 		 462 aa  198  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  28.94 
 
 		 433 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  31.67 
 
 		 454 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  31.08 
 
 		 445 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.8 
 
 		 442 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  29.03 
 
 		 430 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  32.07 
 
 		 432 aa  194  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.76 
 
 		 446 aa  194  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  32.04 
 
 		 419 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.47 
 
 		 446 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  34.47 
 
 		 446 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  30 
 
 		 432 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  28.24 
 
 		 430 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>