More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3528 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0108  seryl-tRNA synthetase  74.35 
 
 
422 aa  668  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0287  seryl-tRNA synthetase  77.96 
 
 
422 aa  690  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  7.36944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3528  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 
423 aa  872  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0089  seryl-tRNA synthetase  74.11 
 
 
422 aa  665  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.55791e-12 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0037  seryl-tRNA synthetase  82.94 
 
 
422 aa  742  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0616  seryl-tRNA synthetase  73.4 
 
 
422 aa  651  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3236  seryl-tRNA synthetase  69.27 
 
 
423 aa  630  1e-179  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0014  seryl-tRNA synthetase  67.85 
 
 
424 aa  600  1e-170  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  3.07933e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0326  seryl-tRNA synthetase  69.83 
 
 
423 aa  596  1e-169  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.81003e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0021  seryl-tRNA synthetase  67.06 
 
 
427 aa  582  1e-165  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.410192  hitchhiker  2.14163e-06 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0012  seryl-tRNA synthetase  65.48 
 
 
424 aa  580  1e-164  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  3.27784e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0013  seryl-tRNA synthetase  65.72 
 
 
424 aa  580  1e-164  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0013  seryl-tRNA synthetase  65.01 
 
 
424 aa  576  1e-163  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15266  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0016  seryl-tRNA synthetase  65.01 
 
 
424 aa  576  1e-163  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0013  seryl-tRNA synthetase  65.01 
 
 
424 aa  576  1e-163  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00217945  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0015  seryl-tRNA synthetase  65.01 
 
 
424 aa  576  1e-163  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0018  seryl-tRNA synthetase  65.01 
 
 
424 aa  576  1e-163  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.12252e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0013  seryl-tRNA synthetase  65.01 
 
 
424 aa  576  1e-163  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  1.83486e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0012  seryl-tRNA synthetase  65.01 
 
 
424 aa  576  1e-163  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  7.51386e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0016  seryl-tRNA synthetase  64.78 
 
 
424 aa  574  1e-162  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00101457  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2756  seryl-tRNA synthetase  64.78 
 
 
424 aa  571  1e-162  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019051  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0012  seryl-tRNA synthetase  64.3 
 
 
424 aa  572  1e-162  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0448744  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5302  seryl-tRNA synthetase  64.78 
 
 
424 aa  573  1e-162  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.49119e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  63.44 
 
 
423 aa  568  1e-161  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21060  seryl-tRNA synthetase  63.79 
 
 
422 aa  564  1e-159  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1424  seryl-tRNA synthetase  64.22 
 
 
423 aa  563  1e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  63.27 
 
 
424 aa  564  1e-159  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  61.14 
 
 
427 aa  552  1e-156  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  62.17 
 
 
425 aa  550  1e-155  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  61.88 
 
 
427 aa  545  1e-154  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  63.03 
 
 
432 aa  546  1e-154  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0872  seryl-tRNA synthetase  63.79 
 
 
420 aa  546  1e-154  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000202567  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0028  seryl-tRNA synthetase  62.74 
 
 
423 aa  541  1e-153  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  3.46844e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  63.27 
 
 
424 aa  543  1e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0013  seryl-tRNA synthetase  63.44 
 
 
425 aa  541  1e-153  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  63.59 
 
 
427 aa  538  1e-152  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2381  seryl-tRNA synthetase  60.66 
 
 
423 aa  540  1e-152  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  62.09 
 
 
425 aa  539  1e-152  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2745  seryl-tRNA synthetase  63.79 
 
 
425 aa  536  1e-151  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1870  seryl-tRNA synthetase  60.38 
 
 
423 aa  533  1e-150  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.961379  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0008  seryl-tRNA synthetase  63.31 
 
 
421 aa  531  1e-150  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00944776  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  61.43 
 
 
427 aa  530  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  60.19 
 
 
426 aa  520  1e-146  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  3.08686e-07  hitchhiker  6.59657e-08 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0356  seryl-tRNA synthetase  59.81 
 
 
425 aa  519  1e-146  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0022  seryl-tRNA synthetase  59.24 
 
 
422 aa  516  1e-145  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2031  seryl-tRNA synthetase  58.25 
 
 
423 aa  518  1e-145  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.19968  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1073  seryl-tRNA synthetase  57.91 
 
 
430 aa  506  1e-142  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.441533 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0013  seryl-tRNA synthetase  57.21 
 
 
422 aa  504  1e-141  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.1419e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0014  seryl-tRNA synthetase  57.04 
 
 
425 aa  497  1e-139  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0014  seryl-tRNA synthetase  56 
 
 
426 aa  495  1e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.192456  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  56.87 
 
 
427 aa  495  1e-139  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0014  seryl-tRNA synthetase  57.04 
 
 
425 aa  497  1e-139  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1195  seryl-tRNA synthetase  57.24 
 
 
417 aa  490  1e-137  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.877064  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2307  seryl-tRNA synthetase  58.06 
 
 
424 aa  490  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1699  seryl-tRNA synthetase  57.78 
 
 
424 aa  489  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.849075 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0541  seryl-tRNA synthetase  56.84 
 
 
423 aa  486  1e-136  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  55.87 
 
 
426 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
428 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  53.97 
 
 
428 aa  482  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.21115e-07  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
428 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1618  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 
427 aa  474  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.697706 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  53.97 
 
 
428 aa  474  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  4.82447e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  54.69 
 
 
426 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  53.27 
 
 
428 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  55.53 
 
 
426 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  55.4 
 
 
426 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  54.69 
 
 
426 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  54.69 
 
 
426 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1129  seryl-tRNA synthetase  56.05 
 
 
432 aa  472  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1189  seryl-tRNA synthetase  56.22 
 
 
426 aa  474  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.520559  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1539  seryl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
428 aa  473  1e-132  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  2.0455e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  54.69 
 
 
426 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03450  seryl-tRNA synthetase  55.29 
 
 
427 aa  474  1e-132  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.375203 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  56.24 
 
 
427 aa  474  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0102  seryl-tRNA synthetase  54.05 
 
 
424 aa  473  1e-132  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.133347  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3853  seryl-tRNA synthetase  56.78 
 
 
435 aa  474  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3916  seryl-tRNA synthetase  56.31 
 
 
435 aa  468  1e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.599878  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
428 aa  468  1e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3978  seryl-tRNA synthetase  56.21 
 
 
463 aa  468  1e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0426777  normal  0.873279 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
428 aa  469  1e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.08788e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  55.29 
 
 
426 aa  469  1e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  8.44174e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
428 aa  469  1e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.45216e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  55.16 
 
 
426 aa  470  1e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  55.29 
 
 
426 aa  470  1e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2991  seryl-tRNA synthetase  54.31 
 
 
429 aa  465  1e-130  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
430 aa  465  1e-130  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2545  seryl-tRNA synthetase  54.12 
 
 
428 aa  467  1e-130  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1036  seryl-tRNA synthetase  54.5 
 
 
427 aa  465  1e-130  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
428 aa  465  1e-130  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
428 aa  465  1e-130  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0009  seryl-tRNA synthetase  53.65 
 
 
428 aa  468  1e-130  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1850  seryl-tRNA synthetase  53.74 
 
 
428 aa  467  1e-130  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0253  seryl-tRNA synthetase  54.52 
 
 
425 aa  467  1e-130  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
428 aa  467  1e-130  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  5.18192e-05  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
430 aa  465  1e-130  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
428 aa  465  1e-130  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  55.06 
 
 
426 aa  467  1e-130  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0009  seryl-tRNA synthetase  53.65 
 
 
428 aa  468  1e-130  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
430 aa  465  1e-130  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3466  seryl-tRNA synthetase  55.19 
 
 
424 aa  466  1e-130  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344693 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>