More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3038 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  100 
 
 
403 aa  805  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.67095e-11  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  68.22 
 
 
402 aa  482  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  68.11 
 
 
407 aa  461  1e-128  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.25 
 
 
404 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.81 
 
 
419 aa  451  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  62.5 
 
 
405 aa  447  1e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  1.96171e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.95 
 
 
419 aa  439  1e-122  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.05818e-10 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
430 aa  337  2e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  48.48 
 
 
429 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.14 
 
 
424 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 
390 aa  281  1e-74  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  44.48 
 
 
413 aa  275  1e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  40.91 
 
 
412 aa  268  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 
416 aa  263  3e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.51 
 
 
419 aa  261  1e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  40.15 
 
 
430 aa  256  3e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  38.7 
 
 
444 aa  256  7e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.53 
 
 
395 aa  253  4e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  3.59698e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  46.41 
 
 
455 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.55 
 
 
409 aa  251  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.28 
 
 
428 aa  241  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  41.85 
 
 
489 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  9.75793e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  38.06 
 
 
398 aa  237  2e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  32.74 
 
 
449 aa  237  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  35.86 
 
 
432 aa  236  7e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.23 
 
 
430 aa  234  2e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  39.19 
 
 
493 aa  233  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.07 
 
 
430 aa  229  9e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  37.75 
 
 
442 aa  226  7e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 
429 aa  223  4e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  37.62 
 
 
471 aa  221  1e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  36.8 
 
 
446 aa  221  2e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  37.1 
 
 
433 aa  220  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  40.92 
 
 
394 aa  214  2e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  37.08 
 
 
466 aa  213  4e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.08 
 
 
466 aa  213  6e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  36.22 
 
 
425 aa  212  8e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 
418 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  35.16 
 
 
434 aa  199  8e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.87 
 
 
465 aa  198  1e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  35.79 
 
 
418 aa  199  1e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  31.83 
 
 
446 aa  198  2e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.13 
 
 
429 aa  197  4e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  33.93 
 
 
437 aa  189  6e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  32.99 
 
 
408 aa  185  1e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  32.73 
 
 
408 aa  183  6e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  35.54 
 
 
405 aa  179  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  34.66 
 
 
416 aa  174  2e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.87508e-07  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  34.66 
 
 
416 aa  174  2e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  6.42362e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 
415 aa  174  4e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  31.09 
 
 
400 aa  174  4e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.66 
 
 
410 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.9827e-08  hitchhiker  2.36896e-09 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  34.66 
 
 
416 aa  173  6e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.21535e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  35.94 
 
 
409 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.85815e-06  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  32.69 
 
 
384 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 
465 aa  167  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 
414 aa  167  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  33.42 
 
 
416 aa  166  9e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.24755e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 
410 aa  165  1e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  31.57 
 
 
397 aa  162  9e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.85 
 
 
401 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  33.59 
 
 
385 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.17 
 
 
438 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  34.15 
 
 
414 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  32.95 
 
 
417 aa  160  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  30.83 
 
 
372 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  30.83 
 
 
372 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  30.83 
 
 
372 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  34.94 
 
 
353 aa  158  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  33.49 
 
 
455 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  1.23833e-12  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  30.49 
 
 
372 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 
410 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  32.36 
 
 
372 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  30.48 
 
 
429 aa  156  7e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  34.63 
 
 
569 aa  155  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  30.6 
 
 
391 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  30.35 
 
 
391 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  31.4 
 
 
393 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  32.73 
 
 
383 aa  154  3e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  31 
 
 
394 aa  154  3e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  29.79 
 
 
371 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.79 
 
 
371 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  29.79 
 
 
371 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  29.79 
 
 
371 aa  152  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  29.79 
 
 
371 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  29.79 
 
 
371 aa  152  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  29.79 
 
 
371 aa  152  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  30.25 
 
 
399 aa  152  9e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 
404 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  32.15 
 
 
370 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  30.17 
 
 
435 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  30.17 
 
 
428 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  29.25 
 
 
390 aa  152  1e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  32.15 
 
 
370 aa  152  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  29.79 
 
 
371 aa  152  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.39116e-09  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  31.22 
 
 
464 aa  151  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  9.06287e-10 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  30.65 
 
 
397 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  32.87 
 
 
456 aa  150  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  31.86 
 
 
370 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  29.53 
 
 
371 aa  150  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>