More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2854 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  100 
 
 
279 aa  571  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  79.42 
 
 
284 aa  461  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  76.36 
 
 
280 aa  434  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  70 
 
 
285 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  70 
 
 
285 aa  397  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  69.68 
 
 
282 aa  395  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  65.47 
 
 
292 aa  385  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  65.34 
 
 
280 aa  383  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  65.58 
 
 
285 aa  372  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  57.45 
 
 
286 aa  328  8e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  52.82 
 
 
307 aa  296  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.46 
 
 
307 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  53.96 
 
 
307 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  52.46 
 
 
307 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  51.41 
 
 
300 aa  268  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  51.23 
 
 
300 aa  268  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.88 
 
 
300 aa  267  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  50.7 
 
 
299 aa  263  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  46.55 
 
 
300 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.39 
 
 
299 aa  260  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  46.43 
 
 
308 aa  254  7e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  45.93 
 
 
303 aa  252  5.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  47.04 
 
 
299 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  45.93 
 
 
303 aa  250  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  46.04 
 
 
299 aa  250  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  45.93 
 
 
303 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
299 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  46.55 
 
 
299 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  46.76 
 
 
296 aa  248  7e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  45.29 
 
 
299 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
299 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  47.12 
 
 
297 aa  247  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.52 
 
 
303 aa  247  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  45.32 
 
 
299 aa  247  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  46.4 
 
 
296 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  46.76 
 
 
297 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  46.76 
 
 
297 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  46.76 
 
 
297 aa  245  6e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  45.68 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  45.65 
 
 
301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  46.67 
 
 
295 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  47.64 
 
 
301 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  46.07 
 
 
300 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  45.65 
 
 
299 aa  240  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.59 
 
 
340 aa  239  4e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
300 aa  239  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  45.25 
 
 
302 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  44.6 
 
 
301 aa  236  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  43.8 
 
 
306 aa  236  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  45.25 
 
 
302 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  45.63 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  43.57 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
298 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
298 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.29 
 
 
290 aa  232  6e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  46.27 
 
 
295 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  45.96 
 
 
326 aa  229  5e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.6 
 
 
350 aa  228  9e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  44.61 
 
 
295 aa  227  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.73 
 
 
291 aa  225  6e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  45.49 
 
 
298 aa  223  4e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.32 
 
 
433 aa  223  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  44.04 
 
 
298 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.07 
 
 
389 aa  221  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.88 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.56 
 
 
474 aa  218  6e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.42 
 
 
356 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.24 
 
 
356 aa  215  5e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.32 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.32 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  44.29 
 
 
357 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  42.96 
 
 
322 aa  211  9e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  40.22 
 
 
300 aa  210  2e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  42.96 
 
 
360 aa  206  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  40.71 
 
 
285 aa  204  9e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  40.65 
 
 
311 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  39.57 
 
 
297 aa  202  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  40.29 
 
 
307 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  39.47 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.47 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.42 
 
 
326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  40 
 
 
281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  40.5 
 
 
311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  40.5 
 
 
282 aa  198  9e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  38.21 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  38.89 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  39.07 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  38.99 
 
 
311 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.93 
 
 
285 aa  196  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  38.99 
 
 
311 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  39.71 
 
 
311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  39.71 
 
 
311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  39.71 
 
 
311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  41.49 
 
 
281 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  38.43 
 
 
297 aa  195  6e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  39.13 
 
 
288 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  38.27 
 
 
309 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>