262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2621 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_2621  ribose/galactose isomerase  100 
 
 
150 aa  305  2.0000000000000002e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0934  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  64.38 
 
 
161 aa  189  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.759422  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0643  ribose-5-phosphate isomerase B  51.01 
 
 
152 aa  159  9e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0677  ribose-5-phosphate isomerase B  51.01 
 
 
152 aa  159  9e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0615  ribose-5-phosphate isomerase B  51.68 
 
 
152 aa  159  9e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2809  ribose-5-phosphate isomerase B  50.68 
 
 
149 aa  157  6e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119147  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_583  ribose-5-phosphate isomerase-like protein  49.66 
 
 
154 aa  156  9e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0488  ribose-5-phosphate isomerase B  50.34 
 
 
149 aa  153  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.136003  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2692  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.3 
 
 
157 aa  152  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0651624  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2026  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  48.63 
 
 
161 aa  145  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.359244  normal  0.295669 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.98 
 
 
149 aa  143  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1117  ribose-5-phosphate isomerase B  45.58 
 
 
150 aa  140  5e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.63 
 
 
149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811694  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.65 
 
 
149 aa  138  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4690  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  49.66 
 
 
152 aa  134  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.389069  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3746  ribose-5-phosphate isomerase B  46.26 
 
 
148 aa  132  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.307071  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  44.9 
 
 
149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  45.58 
 
 
149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2148  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  44.22 
 
 
152 aa  132  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  43.54 
 
 
322 aa  130  6e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  44.22 
 
 
149 aa  130  9e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  44.22 
 
 
149 aa  130  9e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0757  ribose-5-phosphate isomerase B  43.62 
 
 
148 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2515  ribose-5-phosphate isomerase B  43.84 
 
 
148 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499695  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3315  ribose-5-phosphate isomerase B  42.18 
 
 
148 aa  128  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.16807  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  43.45 
 
 
162 aa  127  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2531  ribose 5-phosphate isomerase  43.62 
 
 
155 aa  125  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.9034  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3131  ribose-5-phosphate isomerase B  44.3 
 
 
148 aa  124  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00448812 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5167  ribose-5-phosphate isomerase B  40.41 
 
 
147 aa  124  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000705511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5000  ribose-5-phosphate isomerase B  40.41 
 
 
147 aa  124  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000586604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5017  ribose-5-phosphate isomerase B  40.41 
 
 
147 aa  124  6e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000649757  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5560  ribose-5-phosphate isomerase B  40.41 
 
 
147 aa  124  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000246279  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5409  ribose-5-phosphate isomerase B  40.41 
 
 
147 aa  124  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.20464e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5443  ribose-5-phosphate isomerase B  39.73 
 
 
147 aa  123  9e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000304947  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5496  ribose-5-phosphate isomerase B  39.73 
 
 
147 aa  123  9e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000908103  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5511  ribose-5-phosphate isomerase B  39.46 
 
 
147 aa  122  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000030835  unclonable  3.6700900000000004e-26 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2392  ribose-5-phosphate isomerase  45.21 
 
 
181 aa  123  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.73759  normal  0.0712618 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5440  ribose-5-phosphate isomerase B  39.04 
 
 
147 aa  121  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000091391  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5116  ribose-5-phosphate isomerase B  38.78 
 
 
147 aa  121  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000611048  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3837  ribose-5-phosphate isomerase B  38.78 
 
 
147 aa  120  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00790258  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0809  ribose 5-phosphate isomerase B  42 
 
 
148 aa  120  9e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  41.26 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7320  ribose/galactose isomerase  41.33 
 
 
169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.86 
 
 
148 aa  118  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0098  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.76 
 
 
148 aa  117  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0792  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.89 
 
 
150 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0447104  normal  0.0700549 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5303  ribose-5-phosphate isomerase B  42.28 
 
 
161 aa  114  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.430947  normal  0.546103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.5 
 
 
149 aa  114  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1604  ribose-5-phosphate isomerase  42.76 
 
 
148 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0025055  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2042  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.5 
 
 
159 aa  113  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11660  ribose 5-phosphate isomerase  40.27 
 
 
160 aa  113  6.9999999999999995e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  40.14 
 
 
370 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.1 
 
 
149 aa  112  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  39.19 
 
 
152 aa  111  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1880  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40 
 
 
149 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2620  ribose 5-phosphate isomerase  43.92 
 
 
149 aa  110  8.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.285539  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.51 
 
 
143 aa  110  9e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3408  ribose 5-phosphate isomerase  38.26 
 
 
155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  39.6 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09810  ribose-5-phosphate isomerase B  43.14 
 
 
157 aa  109  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0167583  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  37.93 
 
 
146 aa  109  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0217  ribose 5-phosphate isomerase B  39.44 
 
 
152 aa  108  3e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.00182493  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1551  ribose 5-phosphate isomerase  39.46 
 
 
163 aa  107  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1105  ribose 5-phosphate isomerase  41.1 
 
 
152 aa  107  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.79146  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1598  ribose-5-phosphate isomerase B  40.27 
 
 
160 aa  107  5e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.113376  normal  0.826061 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1375  ribose 5-phosphate isomerase  41.78 
 
 
150 aa  107  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00903478 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1162  ribose-5-phosphate isomerase B  40.27 
 
 
162 aa  107  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0742632  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1747  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40 
 
 
148 aa  107  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0569698  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  37.41 
 
 
145 aa  106  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3889  ribose-5-phosphate isomerase B  37.84 
 
 
155 aa  106  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.212373 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1042  ribose 5-phosphate isomerase B  35.86 
 
 
148 aa  105  1e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1922  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.36 
 
 
153 aa  106  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2734  ribose 5-phosphate isomerase B  39.04 
 
 
147 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0352  ribose 5-phosphate isomerase B  36.73 
 
 
150 aa  105  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0829  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.82 
 
 
167 aa  105  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3103  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.69 
 
 
151 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00677478  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1638  ribose-5-phosphate isomerase B  39.04 
 
 
149 aa  105  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09040  ribose 5-phosphate isomerase  40.94 
 
 
153 aa  105  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0154661 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3163  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  35.37 
 
 
152 aa  104  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000204659  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2593  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.33 
 
 
153 aa  104  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0410  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.46 
 
 
149 aa  104  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.52921 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21560  ribose-5-phosphate isomerase  39.73 
 
 
146 aa  104  5e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.971955  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3745  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.41 
 
 
142 aa  103  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0446576  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1933  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.78 
 
 
149 aa  103  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000691154  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0947  ribose 5-phosphate isomerase  40.41 
 
 
150 aa  103  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1606  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  41.38 
 
 
148 aa  103  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.350324  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.33 
 
 
147 aa  103  7e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000280792  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7302  ribose-5-phosphate isomerase B  36.67 
 
 
159 aa  103  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160581  normal  0.0238108 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24510  ribose 5-phosphate isomerase  39.04 
 
 
149 aa  103  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.893298  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1171  ribose 5-phosphate isomerase B  37.59 
 
 
148 aa  103  9e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0563702  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1145  ribose 5-phosphate isomerase  38 
 
 
161 aa  103  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11900  ribose 5-phosphate isomerase  39.6 
 
 
157 aa  103  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.197382 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1640  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.46 
 
 
152 aa  103  9e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000194465  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  39.73 
 
 
149 aa  102  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1747  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  38.57 
 
 
145 aa  102  1e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.78 
 
 
147 aa  103  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1313  ribose 5-phosphate isomerase B  36.17 
 
 
149 aa  102  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00000182185  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2202  ribose-5-phosphate isomerase B  36 
 
 
166 aa  102  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  39.73 
 
 
149 aa  102  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1130  ribose-5-phosphate isomerase  42.76 
 
 
152 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.590654  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>